藤井 の 不正 行為 に対する 最初 の 告発 は 、 2000 年 に 『 Anesthesia & Analgesia 』 誌 の 「 編集 者 へ の 手紙 ( Letter to the editor )」 欄 に 寄せ られ た ピーター ・ クランケ ( Peter Kranke )、 クリスチャン・アプフェル ( Christian Apfel ) ら の 寄稿 で あっ た 。

この 「 手紙 」 は 、 手術 後 の 吐き気 や 嘔吐 の 抑制 に グラニセトロン の 有効 性 について 藤井 が 報告 し た 知見 について 、 47 本 の 論文 で 報告 さ れ た データ は 「 信じ られ ない ほど 良好 ( incredibly nice ) で あっ た 」 が 、 「 すべて の 集団 に関して 副作用 について の 記述 が 同じ で ある こと に 気づき 、 疑問 を もつ よう に なっ た 」 と 述べ て い た 。

同じ 著者 たち によって 2001 年 に 『 Acta Anaesthesiologica Scandinavica 』 誌 に 発表 さ れ た 論文 は 、 グラニセトロン の 効果 に関する 藤井 の データ と 、 他 の 研究 者 たち の 知見 と の 間 に は 「 一貫 し た 不一致 」 が ある こと を 報告 し た 。

藤井 は 、 自分 の 業績 に対する こうした 批判 を 否定 し 、 自分 の 得 た 結果 は 「 真実 」 で あり 「 どれ だけ 証拠 を 出せ ば 十分 な 証明 に なる の か ?」 と 反問 し た 。

アプフェル は アメリカ 食品 医薬品 局 や 日本 の 医薬品 行政 当局 、 日本 麻酔 科 学会 に 書簡 を 送り 、 藤井 の データ に 信頼 性 を 欠く お それ の ある 部分 が ある こと を 警告 し た が 、 どこ から も 応答 は なかっ た 。

藤井 の 業績 の 検証 を 求める 制度 的 な 動き は 起こら ず 、 学術 誌 は 藤井 から 投稿 さ れ た 新しい 論文 を 受理 し 続け た 。

『 Anesthesia & Analgesia 』 誌 の 編集 者 たち も 、 2010 年 ころ まで は 、 藤井 に対する 告発 を 取り上げよ う と は し なかっ た が 、 『 Anaesthesia 』 誌 の 編集 者 が 改めて この 件 に 懸念 を 表明 し た こと が きっかけ と なり 、 『 Anesthesia & Analgesia 』 誌 を はじめ いろいろ な 学術 誌 の 編集 者 たち が 協力 し て 、 藤井 の 研究 業績 を 検証 する こと に なっ た 。

2012 年 3 月 に は 、 藤井 の 業績 の 一部 について の 分析 が ふたつ 公表 さ れ た 。

3 月 7 日 、 東邦大学 は 、 牛久愛和総合病院 で 行なわ れ た と さ れる 臨床 研究 の 論文 9 本 の うち 、 同 病院 の 倫理 委員 会 が 藤井 に 承認 を 与え て い た の は 1 本 だけ で あっ た こと が 判明 し た 、 と 公表 し た 。

3 月 8 日 、 『 Anaesthesia 』 誌 は 、 イギリス の 麻酔 専門医 ジョン ・ カーライル ( John Carlisle ) による 、 藤井 の 論文 168 本 で 報告 さ れ た データ の 統計 分析 の 報告 を 発表 し た 。

カーライル は 統計 学 の 手法 を 用い て 、 藤井 によって 発表 さ れ た 様々 な 変数 （ 試験 対象 者 の 年齢 、 体格 、 血圧 など ） の ばらつき が 、 ランダム に 選択 さ れ た 場合 に 予想 さ れる 結果 と どの 程度 一致 する か を 評価 し た 。

これ を 踏まえ て 、 この あり そう も ない 結果 について 十分 な 説明 が なさ れ ない 限り は 、 藤井 が 発表 し た データ を 「 メタ 分析 、 レビュー の 対象 から 外す べき で ある 」 と カーライル は 勧告 し た 。

4 月 、 学術 誌 23 誌 の 編集 者 たち は 、 藤井 が 公刊 し た 論文 に 関わっ た と さ れる 日本 の 学術 組織 7 団体 に対して 、 藤井 の 研究 業績 を 検証 する よう 公式 に 要求 し た 。

日本 麻酔 科 学会 は 、 澄川 耕 二 ・ 長崎大学 教授 を 委員 長 と する 「 藤井 善隆 氏 論文 調査 特別 委員 会 」 を 設け 、 藤井 の 業績 と さ れる 249 本 の 論文 の うち 、 1990 年 から 2011 年 に 発表 さ れ た 212 本 を 検証 し た 。

委員 会 は 、 藤井 の 論文 の 共著 者 たち や 藤井 に 研究 に 関わっ て き た 様々 な 人々 に も 聞き 取り を 行なっ た 。

委員 たち は 実験 ノート 、 患者 の 記録 、 その他 、 藤井 の 研究 の 生 データ の 入手 と 点検 も 試み た 。

検証 に あたっ た 委員 たち は 、 藤井 が 、 研究 に 関わる 日付 や 、 臨床 が 行なわ れ た 病院 の 名 など を 巧妙 に 曖昧 に し て 、 不正 を 発覚 し にくく し て い た と 見える こと を 目の当たり に し た 。

調査 対象 と さ れ た 212 本 の 論文 の うち 、 200 本 は 共著 で 、 共著 者 は 55 人 に 及ん だ が 、 共著 者 として 名 が 挙がっ て い た 研究 者 たち の 中 に は 、 藤井 が 自分 の 名 を 共著 者 として 挙げ た こと を 知ら ない 者 も 数 人 おり 、 共著 者 と さ れ た うち の 2 人 は 学術 誌 に 提出 さ れ た 論文 原稿 の 添え 状 に ある 自分 の 署名 は 偽書 さ れ た もの で ある と 述べ た 。

リトラクション・ウォッチ （ Retraction Watch ： 学術 文献 の 撤回 を 取り上げる ブログ ） は 、 藤井 の 論文 は 被 引用 件数 が 少なく 、 共著 者 と さ れ た 研究 者 たち が 自分 たち の 名 が 乱用 さ れ て いる こと に 気付か なかっ た の かも しれ ない と 示唆 し て いる 。

検証 に あたっ た 委員 たち は 、 長く 藤井 の 上司 の 立場 に あり 、 113 本 の 論文 を 共著 し て い た 豊岡 秀 訓 について 、 藤井 の 不正 行為 に 気付い て い た 可能 性 が ある と 見 て 、 「 捏造 に 関与 し なかっ た と は いえ その 責任 は 重大 で ある 」 と 報告 書 に 記し た 。