これ に 伴い 、 政府 － 沖縄 間 の 3 者 協議 の 場 として 北部 振興 協議 会 、 移設 先 ・ 周辺 地域 振興 協議 会 が 設置 さ れ 、 次に 述べる 代替 施設 協議 会 同様 、 2000 年 8 月 より 会合 が 開始 さ れ て いる 。

第 3 回 移設 協議 会 で 幾つ か の 埋立 空港 の 水深 が 参考 に 取り上げ られ 、 第 5 回 移設 協議 会 で 名護 市長 の 要望 により 、 幾つ か の 類似 例 を 見学 する こと が 提案 さ れ 、 第 6 回 で その 結果 が 報告 さ れ た 。

埋立 が 可能 と 判断 さ れ た の は 1978 年 で ある が 、 同 飛行場 の 沖合 移設 工事 は 1998 年 より 約 10 年 の 工期 を 以 って 開始 さ れ て おり 、 タイミング として は 普天間 移設 問題 と 時期 が 重なり つつ も 、 この 時点 で 既に 先行 し て い た 。

工事 を 計画 し た の は 移設 協議 会 の 政府 側 メンバー で も ある 防衛施設庁 だっ た 。

また 、 移設 協議 会 にて 埋立 工法 の 検討 資料 作成 を 委託 さ れ た 日本 海洋 開発 建設 協会 は 1990 年代 末 に ミチゲーション の 研究 を 行っ て 各地 の 埋立 工事 へ の 反映 を 図っ て い た が 、 岩国 飛行場 で も 計画 に 環境 再生 が 取り入れ られ て いる 。

また 、 防衛施設庁 は 専門 誌 で 岩国 の 移設 工事 について 書い て いる が 、 アメリカ 軍 の 飛行場 に対する 技術 的 要求 （ 運用 所要 ） は 「 舗装 工事 は コンクリート 舗装 を 基本 と し 、 併せ て 運用 開始 後 は 運用 停止 を 伴う よう な 大 規模 な 補修 工事 を 必要 と し ない よう な 構造 と する こと 」 で あっ た と 言う 。

それ まで 普天間 飛行場 の 移設 が 主体 で あっ た 基地 の 整理 縮小 の 過程 に 、 更に 31 MEU を 除く 海兵 隊 歩兵 部隊 の 沖縄 から の 配置 転換 が 加わっ た が 、 それ は この 在日 米 軍 再編 協議 によって で ある 。

その 意味 で は 、 普天間 飛行場 の 移設 は 巨大 な パッケージ の 一部 に 過ぎ ない 。

墜落 から 間 も ない 9 月 、 那覇 防衛 施設 局 は 上記 の よう に 辺野古 沖 建設 予定 地 で 環境 アセスメント の ため の ボーリング 調査 に 着手 し た が 、 移設 反対 運動 や 台風 接近 等 天候 不良 の ため 、 調査 は 中断 さ れ た 。

2005 年 、 移設 作業 の 進行 遅滞 を 理由 に 政府 は 移設 案 の 変更 の 検討 を 始め た 。

10 月 29 日 、 日 米 安全 保障 協議 委員 会 において 在日 米 軍 及び 関連 する 自衛隊 の 再編 に関する 勧告 を 承認 し た 日 米 両国 は 移設 先 を 辺野古崎 沿岸 部 に 変更 する こと で 合意 し た 。

2009 年 8 月 の 第 45 回 衆議院 議員 総 選挙 で も 、 沖縄 県 で は 、 民主党 、 社会民主党 、 国民 新党 の 国政 野党 （ 当時 ） が 県 外 ・ 国外 移設 を 掲げ 、 県内 の 全 選挙 区 において 辺野古 案 に 反対 する 議員 が 当選 する 一方 、 辺野古 案 を 容認 する 候補 者 （ 自由民主党 、 公明党 ） は 全員 落選 し 、 辺野古 案 に 理解 を 示す 沖縄 県 選出 国会 議員 は 2010 年 7 月 に 任期 切れ で 選挙 を 迎える 自民党 の 島尻 安 伊 子 参議院 議員 1 人 だけ と なっ た 。

2010 年 1 月 24 日 の 名護 市長 選挙 で は 、 辺野古 移設 反対 派 が 推す 稲 嶺 進 （ 鳩山 政権 の 連立 与党 および 日本 共産党 、 沖縄 社会 大衆 党 、 政党 そう ぞう 推薦 ） が 、 移設 容認 派 で 現職 の 島袋 吉和 （ 自民党 、 公明党 推薦 ） を 破り 、 初 当選 し た 。

2010 年 9 月 12 日 に 行わ れ た 名護 市議会 議員 選挙 で は 、 辺野古 移設 に 反対 する 稲嶺 市長 派 の 議員 が 過半数 を 獲得 し た 。

この 時 の 選挙 活動 で も 、 普天間 基地 の 海外 移設 を 目指す 意思 を 表明 し 、 代表 の 鳩山 由紀夫 も 7 月 19 日 に 那覇 市 で 開催 さ れ た 集会 において 、 移設 先 は 「 最低 で も 県 外 」 に する と 宣言 し た 。

3 党 連立 政権 合意 書 に は 普天間 問題 は 明記 さ れ なかっ た が 、 選挙 戦 において 民主党 や 社民党 の 責任 者 から 、 普天間 基地 の 現行 移設 案 に対する 反対 論 が 繰り返し 述べ られ た 。

しかし 、 あえて マニフェスト の 中 で は 普天間 という 言葉 も 書き ませ ん でし た し 、 「 米 軍 再編 や 在日 米 軍 基地 の あり方 について も 見直し の 方向 で 臨む 。 」 という 表現 に とどめ た わけ です から 、 そこ は 違う という こと を 、 我々 の 公約 という の は この マニフェスト です から 、 私 たち の 思い の 話 と 公約 、 マニフェスト の 話 、 それ を あえて 混同 し て 、 そして 質問 さ れる の は 私 は おかしい と 思い ます 。 」 と 普天間 移設 問題 は マニフェスト で は ない と 説明 し た ものの 、 事実 上 の 政権 公約 として 捉え られ た こと が 、 後 の 連立 政権 を 揺るがす 大きな 問題 と なっ て いっ た 。

名護 市 が オブザーバ として 参加 を 表明 し て い た ため 、 発足 前 に は 移設 に 反対 する 市民 団体 から 名護 市 に 批判 的 な 質問 が 寄せ られ た 。

この 時点 で は 日 米 関係 における 喫緊 の 課題 は インド洋 における 給油 問題 で あり 、 移設 問題 は 最 重要 課題 と は 捉え られ て い なかっ た の で ある 。

しかし 政権 発足 後 、 徐々に 移設 問題 の 重要 さ が 認識 さ れ て いっ た 。