しかし 新潟 県内 の 区間 （ 森宮野原 駅 - 越後 川口 駅 間 ） は 、 翌 4 月 1 日 より 新潟 支社 へ 移管 し て いる 。

下条 駅 （ げじ ょうえき ） は 、 新潟 県 十日町 市 下条 四 丁目 に ある 、 東日本旅客鉄道 （ JR 東日本 ） 飯山線 の 駅 で ある 。

越後 堀之内 駅 （ え ちご ほり の うち え き ） は 、 新潟 県 魚沼 市 堀之内 に ある 、 東日本旅客鉄道 （ JR 東日本 ） 上越 線 の 駅 で ある 。

ジェイ アール 新潟 ビジネス が 駅 業務 を 受託 する 業務 委託 駅 と なっ て おり 、 越後 湯沢 駅 が 当 駅 を 管理 し て いる 。

北堀之内 駅 （ き た ほり の うち え き ） は 、 新潟 県 魚沼 市 下島 に ある 、 東日本旅客鉄道 （ JR 東日本 ） 上越 線 の 駅 で ある 。

東日本旅客鉄道 新潟 支社 （ ひがし に ほん り ょかくてつどう ・ に い がた ししゃ ） と は 、 東日本旅客鉄道 （ JR 東日本 ） の 支社 の 一つ 。

旧 日本 国有 鉄道 の 新潟 鉄道 管理 局 の 旅客 部門 を 継承 し て いる 。

大糸線 以外 の 新潟 県内 JR 線 全 路線 と 、 磐越西線 の 福島 県内 区間 の うち 喜多方 駅 以西 、 羽越本線 ・ 米 坂 線 の 山形 県内 区間 の うち 、 それぞれ 酒田 駅 以南 、 今泉 駅 以西 を 管理 し て いる 。

新潟 駅 を 中心 と する 新潟 市内 （ 一部 除く ） の 区間 （ 信越本線 ・ 新潟 駅 - 新津 駅 間 、 白新線 ・ 新潟 駅 - 豊栄 駅 間 、 越後 線 ・ 新潟 駅 - 内野 駅 間 ） は 、 昼間 20 分 間隔 の ヘッド ダイヤ により 運行 さ れ て いる 。

また 、 新潟 駅 を 中心 と する 新潟 近郊 区間 で は Suica が 利用 できる （ 詳細 は 後述 ） 。

前述 の よう に 新潟 県内 の 大半 と 山形 県 ・ 福島 県内 の 一部 の 路線 を 管轄 と し て いる 。

上越 妙高 駅 は 接続 する 信越本線 が え ちご トキ めき 鉄道 に 移管 さ れ た 上 に 、 両方向 の 隣 の 駅 が 新潟 支社 の 管轄 から 外れ て いる ため 、 新潟 支社 における 飛地 区間 と なっ て いる 。

2004 年 秋 より 、 新潟 駅 を 中心 と する 30 km 圏内 （ 新潟 都市 圏 ） に 自動 改札 機 が 設置 さ れ た 。

また 2008 年 に サービス エリア が 拡大 さ れ 、 3 月 15 日 から 羽越本線 ・ 新津 - 新発田 間 、 磐越西線 ・ 五泉 - 新津 間 、 信越本線 ・ 長岡 - 東 三条 間 、 弥彦線 全線 の 区間 各駅 で 新た に Suica の サービス が 開始 さ れ 、 同時に 磐越西線 ・ 五泉 - 新津 間 、 信越本線 ・ 長岡 - 東 三条 間 が 新潟 近郊 区間 に 指定 さ れ た 。

これ により 、 新潟 近郊 区間 及び 新潟 市域 の JR 線 内 は 全 区間 で Suica が 利用 できる よう に なっ た 。

さらに 2009 年 3 月 14 日 から は 上越新幹線 ・ 長岡 - 新潟 間 も サービス エリア に 加わり 、 定期 券 に 限り 利用 可能 と なっ て いる （ 首都 圏 等 と 同様 、 Suica フレックス 定期 券 および Suica フレックス パル 定期 券 と 、 新幹線 の 駅 が 2 つ 以上 含ま れる Suica 定期 券 のみ が 対象 ） 。

また 2014 年 4 月 1 日 から 新潟 エリア の 上越 線 の 小千谷 駅 、 信越本線 の 宮内 ・ 柏崎 ・ 直江津 各駅 、 羽越本線 の 中条 ・ 坂 町 ・ 村上 各駅 の 7 駅 が Suica の 一部 サービス に 対応 し た 。

新潟 近郊 区間 も 上越 線 小千谷 駅 ～ 宮内 駅 間 と 信越本線 直江津 駅 ～ 長岡 駅 間 、 越後 線 柏崎 駅 ～ 吉田 駅 間 、 羽越本線 新発田 ～ 村上 駅 間 が 新た に 拡大 。

下記 は 2014 年 4 月 1 日 現在 の 新潟 地区 Suica サービス エリア 。

支社 管内 で は この ほか 、 新潟 近郊 区間 に 含ま れ ない 主要 駅 に も 自動 改札 機 が 導入 さ れ て いる 。