新潟 県 本土 と 佐渡 島 を 結ぶ 佐渡汽船 の 3 航路 の うち 、 最も 利用 者 数 ・ 取扱 貨物 量 が 多い の は 新潟 - 両津 間 の 両津 航路 。

新潟 東港 開港 によって 国際 物流 機能 は 大半 が 東港 へ シフト し た が 、 現在 でも 私有 の 臨港 埠頭 など を 中心 に 取り扱い が ある 。

かつて 新潟 県内 で は 石油 が 産出 さ れ て い た 背景 も あっ て 日本石油 、 昭和 石油 など が 製油 所 を 稼動 し て い た 。

この うち 昭和シェル石油 は 新潟 石油 製品 輸入 基地 の 敷地 内 の うち 、 旧 製油 所 跡地 を 活用 し て 、 発電 出力 1 Mw クラス の 太陽光 発電 施設 「 新潟 雪国 型 メガ ソーラー 発電 所 」 を 整備 し 、 2010 年 8 月 31 日 に 稼働 を 開始 し た 。

総 事業 費 7 億 円 の うち 半額 を 国 が 補助 し 、 新潟 県 が 約 2 億 円 、 昭和 シェル が 約 1 . 3 億 円 を 拠出 し て 整備 し た 。

この 他 、 JFE スチール グループ 、 新潟 造船 、 日東紡績 、 北越 紀州製紙 など が 西港 区 周辺 に 製造 拠点 を 置い て いる 。

東北電力 は 前述 の 昭和シェル石油 の 敷地 に 隣接 し て 新潟 火力 発電 所 （ 最大 発電 出力 ： 約 500 MW ） を 設け て いる 。

うち 新潟 鉄工 は 以前 、 鉄道 車両 ・ 除雪 機械 など を 製造 する 工場 を 置い て い た が （ 大山 工場 ） 、 合理 化 に 伴っ て 閉鎖 。

東港 工場 （ 現 新潟 トランシス ） に 機械 類 の 拠点 を 集約 し た 。

この 大山 工場 閉鎖 と 新潟 みなと トンネル の 工事 進捗 に 伴い 、 1999 年 3 月 を 以 って 信越本線 の 貨物 支線 「 東臨港 線 」 の うち 焼島 駅 - 東新潟港 駅 間 が 休止 と なり 東新潟港 駅 以北 の 臨港 埠頭 等 に 続い て い た 引込線 も 廃止 ・ 撤去 さ れ た 。

埠頭 に は 以前 この 他 、 新潟 市 の 管理 による 「 新潟 魚市場 」 も 設け られ て い た が 老朽 化 が 著しく 、 また 農水 産物 の 市場 機能 が 市内 4 箇所 に 分散 し て い た 問題 など から これら を 1 箇所 に 集約 する こと を 目的 に 2007 年 5 月 、 江南 区 茗荷谷 地 内 で 整備 が 進め られ て い た 新潟 市 中央 卸売 市場 に 移転 統合 さ れ た 。

その 結果 、 新潟 商工 会議 所 や 新潟 漁協 など が 中心 と なっ て 「 地物 鮮魚 と 地場 野菜 ・ 花 の 市民 市場 」 として 整備 する 計画 が 立案 さ れ 、 2009 年 7 月 に 農林水産省 の 助成 事業 「 マルシェ・ジャポン・プロジェクト 」 に 採択 さ れ た の を 受け 、 同年 9 月 に 「 にぎわい マルシェ・ジャポン 万代島 」 が スタート 。

また 東側 の 隣接 地 に は 新潟 漁協 本所 や 荷捌 場 など を 内包 する 「 万代島 水産 会館 」 が 新築 移転 し 、 これ に 伴い 旧 本所 （ 朱鷺 メッセ 向かい ） の 構内 に 設け られ て い た 産地 市場 「 さかな の ふるさと 万代島 」 は 9 月 30 日 をもって 閉店 し 、 ピア Bandai 内 へ 移転 し た 。

新潟 市 北 区 と 聖 籠町 に またがる 地域 に 建設 さ れ た 掘 込 港 。

開削 によって 生じ た 土 は 、 東港 と 同 時期 に 建設 が 進め られ て い た 関屋 分水 路 から の 開削 土 と共に 、 新潟 バイパス や 亀田 バイパス の 盛り土 として 活用 さ れ た 。

日本 沿岸 と ロシア・ボストーチヌイ を 結ぶ トランス シベリア 航路 は 長く 新潟 寄港 が 休止 さ れ て い た が 、 2008 年 9 月 に 月 1 便 の 頻度 で 復活 し た 。

また 敷地 の 多く は 1970 年代 後半 以降 、 県 ・ 新潟 市 ・ 聖 籠町 によって 工業 団地 として 開発 さ れ 、 化学 、 食品 、 機械 、 精密 など 多岐 にわたる 業種 が 製造 拠点 や 出先 を 設け て いる 。

東北電力 は 東 新潟 火力 発電 所 を 置い て おり 、 最大 発電 出力 は 4600 MW と 国内 の 火力 発電 所 として は 最大 級 の 出力 を 有し て いる 。

なお 日本石油 （ のち 新 日本石油 、 現 JX 日鉱 日石 エネルギー ） は 、 西港 区 に あっ た 新潟 製油 所 の 移転 用地 として 中央 埠頭 東 岸壁 側 の 土地 を 取得 し た 。

だが その後 移転 計画 は 凍結 さ れ た ため 、 暫定 的 利用 法 として 「 新潟 サンライズゴルフ 場 」 が オープン 。