犯人 グループ は 即座 に 離陸 さ せる よう に 要求 し た ものの 、 韓国 当局 は 停止 し た エンジン を 再始動 する ため に 必要 と なる スターター （ 補助 始動 機 ） の 供与 を 拒否 。

犯人 グループ は 強硬 な 態度 を 保っ た ものの 、 食料 等 の 差し入れ に は 応じ た 。

韓国 政府 の 丁 来 赫 （ チョン・ネヒョク ） 国防 部 長官 や 白 善 燁 （ ペク・ソニョプ ） 交通 部 長官 、 朴 璟遠 （ パク・キョンウォン ） 内務 部 長官 とともに 犯人 グループ へ の 交渉 に 当たる こと に なっ た 。

この 後 、 よど 号 の 副 操縦 士 が 犯人 グループ の 隙 を 見 て 、 機内 に いる 犯人 の 数 と 場所 、 武器 など を 書い た 紙 コップ を コク ピット の 窓 から 落とし 、 犯人 の おおよそ の 配置 が 判明 し た 。

日本 政府 は さらに 、 犯人 グループ が 乗員 を 解放 し た 場合 に は 、 北朝鮮 行き を 認める よう に 韓国 側 に 強く 申し入れ 、 韓国 側 は 最終 的 に これ を 受け入れ た 。

数 日間 の 交渉 を 経 た 4 月 3 日 に 、 山村 新治 郎 運輸 政務次官 が 乗客 の 身代わり として 人質 に なる こと で 犯人 グループ と 合意 。

犯人 グループ の 1 人 で ある 田中 義三 と 山村 が 入れ替わる 形 で 乗り込む 間 に 乗客 を 順次 解放 し 、 最終 的 に 地上 に 降り て い た 田中 と 最後 の 乗客 1 人 が タラップ 上 で 入れ替わる 形 で 解放 が 行わ れ た 。

なお 犯人 側 から 山村 政務次官 の 身元 について 日本 社会党 の 阿部 助 哉衆 議院 議員 に 証明 を 行っ て ほしい 旨 の 依頼 が あり 、 4 月 2 日 に 阿部 議員 が ソウル に 渡り 、 山村 政務次官 の 人物 証明 を 行っ た 。

対応 し た 北朝鮮 側 は 武装 解除 を 求め た ため 、 犯人 グループ は 武器 を 置い て 機外 へ 出 た 。

よど 号 に 乗っ て い た 犯人 グループ 9 人 、 乗員 3 人 、 人質 の 山村 の 計 13 人 の 身柄 は 北朝鮮 当局 によって 確保 さ れ た 。

また 犯人 グループ と 乗員 、 山村 政務次官 に対して は 公開 による 尋問 が 行わ れ 、 長期間 の 抑留 が 想定 さ れる 厳しい 状況 に なっ た 。

同時に “ 飛行機 を 拉致 し て き た 学生 ” に対し 必要 な 調査 と 適切 な 措置 を 執る として 、 犯人 グループ の 亡命 を 受け入れる 姿勢 を 示し た 。

なお 犯人 グループ は 出発 時 に 「 われわれ は 明日 、 羽田 を 発 （ た ） たん と し て いる 。

ただし 憲法 39 条 の 遡及 処罰 禁止 規定 により 犯人 グループ が 帰国 し た 場合 、 この 法律 は 適用 さ れ ない 。

その後 、 犯人 グループ は 合意 による 無罪 帰国 を 求め て いる が 、 日本国 政府 は これ を 認め て い ない 。

日 野原 の 著書 に よれ ば 、 対馬海峡 を 過ぎ た 頃 、 客席 側 に い た 犯人 グループ の 一 人 が 乗客 に対し 、 「 自分 たち が 持ち込ん だ 本 を もし 読み たけれ ば 貸し出す 」 と 言っ て き た 。

ただ 、 実際 に 乗客 の 中 で 犯人 から 本 を 借り た の は 、 『 カラマーゾフ の 兄弟 』 を 借り た 日 野原 のみ で あっ た と いう 。

1970 年 （ 昭和 45 年 ） 9 月 13 日 発行 の 朝日新聞 は 四 番 砲塔 内 より 犯人 と 推定 さ れる 遺骨 が 発見 さ れ た と 報じ 、 この 説 は 一般 に も 知ら れる よう に なっ た 。

最近 で は 警察 の 科学 捜査 の 向上 により 、 精液 から 血液 型 や DNA が 判明 する ため 、 犯人 の 顔 が わから なく て も 検挙 さ れる こと が 多い 。

事件 の 犯人 の 容姿 が アル・パチーノ に 似 て い た ため 、 パチーノ が 主演 に 選ば れ た と いう 。