戊辰戦争 終結 後 の 1869 年 （ 明治 2 年 ） 10 月 に 「 新潟 運上 所 」 として 開所 。

1872 年 （ 明治 5 年 ） 11 月 28 日 、 全国 の 運上 所 が 「 税関 」 と 呼称 統一 さ れ た の に 伴っ て 「 新潟 税関 」 に 改称 し た 。

新潟 税関 は 全国 の 税関 統廃合 に 伴っ て 1902 年 （ 明治 35 年 ） 11 月 5 日 付 で 廃止 さ れ 、 新潟港 は 横浜 税関 の 管轄 下 と なり 、 庁舎 は その 支署 と なっ た 。

さらに 1953 年 （ 昭和 28 年 ） 8 月 1 日 、 横浜 税関 から 東京 税関 が 分離 独立 し 、 新潟 税関 支署 は 東京 税関 へ 移管 し た 。

庁舎 は 翌 1954 年 （ 昭和 29 年 ） 2 月 10 日 付 で 、 新潟 県 の 文化財 に 指定 さ れ た 。

しかし 新潟 税関 支署 は 敷地 ・ 庁舎 とも 年々 手狭 と なり 、 運上 所 の 開所 以来 、 保税 倉庫 として 使用 し て い た 石 庫 の 老朽 化 が 著しく なっ た ため 1963 年 （ 昭和 38 年 ） に 解体 さ れ 、 石材 など の 構造 物 は 将来 の 復元 を 前提 に 保管 さ れ た 。

1964 年 （ 昭和 39 年 ） 6 月 16 日 の 新潟 地震 で は 、 税関 支署 周辺 は 液状 化 現象 による 地盤 沈降 と 津波 により 浸水 し 、 庁舎 の 建物 が 傾斜 する など 甚大 な 被害 を 受け た 。

新潟 税関 支署 は 1966 年 （ 昭和 41 年 ） 5 月 1 日 、 対岸 の 竜 が 島地 内 の 中央 埠頭 前 に 建設 さ れ た 新 庁舎 へ 移転 し 、 旧 庁舎 は 97 年間 の 役目 を 終え た 。

だが 庁舎 移転 当時 、 開港 時 の 運上 所 の 建造 物 が 遺 存 し て いる 例 は 他 に 無かっ た こと から 、 旧 庁舎 は その 歴史 的 価値 を 評価 さ れ 、 新潟港 の 開港 100 周年 を 機 に 1969 年 6 月 20 日 付 で 「 旧 新潟 税関 庁舎 」 として 国 の 重要 文化財 に 、 遺構 を 含む 敷地 は 「 旧 新潟 税関 」 として 国 の 史跡 に それぞれ 指定 さ れ 、 1970 年 （ 昭和 45 年 ） 1 月 19 日 付 で 新潟 市 を 管理 団体 と する 旨 が 公示 さ れ た 。

旧 庁舎 は 同年 から 2 年間 を 掛け た 解体 修復 工事 によって 復原 さ れ 、 前述 の 通り 1972 年 から 2003 年 まで の 間 は 、 当館 前身 の 新潟 市 郷土 資料 館 の 本館 として 使用 さ れ た 。

荷揚げ 場 に は 河岸 に 沿っ て 石段 が 設け られ て い た が 、 昭和 時代 初期 の 信濃川 両 岸 の 埋め立て や 、 1960 年代 に 新潟 市内 で 著しく 進行 し た 地盤 沈下 、 さらに は 新潟 地震 によって 埋没 し て しまっ た ため 、 新潟 市 で は 1996 年 （ 平成 8 年 ） から 発掘 調査 を 実施 し た 上 、 資料 等 を 元 に し て 工事 を 行い 、 運上 所 開所 当時 の 位置 に 復元 さ れ た 。

万代 シテイバスセンター （ ばん だい シティ バス センター ） は 、 新潟 県 新潟 市 中央 区 万 代 一 丁目 、 万代 シテイ 内 に ある バスターミナル 。

新潟交通 が 運営 し て おり 、 新潟 市 近郊 ・ 郊外 の 路線 バス と 、 長距離 高速 バス の 発着 点 と なっ て いる 。

1951 年 2 月 、 新潟 市 流作 場 、 現在 の 新潟 テレコムビル の 位置 に 完成 し た 「 新潟交通 バスステーションビル 」 （ 通称 バス ビル ） が 前身 。

新潟 県内 で は 初 の 本格 的 な バスターミナル で 、 各 乗り場 は 車両 を 建物 内 へ 後退 し て 入線 さ せる スイッチバック 式 で あっ た 。

市内 線 の バス が 発着 する 新潟 駅前 に対し 、 バス ビル から は 近郊 ・ 郊外 線 の バス が 発着 し て い た 。

老朽 化 と 新潟 交通 本社 用地 の 再 開発 に 伴い 、 1973 年 11 月 に 新潟交通 本社 と テナント 群 を 擁す 現 ビル に 移転 し 、 現 名称 と なる 。

11 ・ 12 番線 と 附船 町 行 は 新潟 市 道東 港 線 に 面する バス ベイ が 乗り場 と なっ て いる 。

かつて バス センター から は 近郊 ・ 郊外 線 バス が 多数 発着 し て い た が 、 1980 年代 半ば から 発着 地 を 新潟 駅 万 代 口 や 古町 、 新潟 市役所 など へ 移設 する 路線 が 相次い で おり 、 特に 新潟 市 の オムニバス タウン 事業 に 伴っ て 2007 年 秋 以降 に 実施 さ れ て いる ダイヤ 改正 で は 、 発着 地 を 前掲 の 箇所 へ 移転 する 路線 が 増加 し て いる 。

新潟 市 が 制定 し た オムニバス タウン 計画 で は 当時 、 往路 を バス センター 始発 、 復路 を 古町 ・ 市役所前 終着 と し て いる 残り の 近郊 線 も 、 今後 往復 と も 古町 もしくは 市役所 前 発着 と し た 上 で 、 最終 的 に バス センター 発着 の 路線 は 県 外線 高速 バス と 一部 の 路線 バス のみ と する 方針 で あっ た が 、 2012 年 3 月 に 市 が 制定 し た 「 新た な 交通 システム 導入 基本 方針 」 において は 新潟 駅 - 万 代 - 古町 - 新潟 市役所 - 白山 駅 間 に バス・ラピッド・トランジット （ BRT ） を 2014 年度 中 に 導入 する 目標 が 示さ れ た 。