この間 、 巻 町 は 新潟 市 と の 合併 協議 に も 参加 し なかっ た が 、 この うち 新潟 市 赤塚 地区 と 生活 圏 上 一体 と なっ て いる 四 ッ 郷 屋 地区 について は 、 境界 変更 による 新潟 市 編入 の 構想 も 浮上 し て い た 。

これ に 伴い 、 残る 12 市町村 で の 2005 年 ( 平成 17 年 ) 3 月 21 日 の 合併 （ 新潟 市 へ の 編入 合併 ） を 目指し 、 任意 協議 会 から 発展 し た 形 で 法定 合併 協議 会 「 新潟 地域 合併 協議 会 { Refnest | group =" 注 "| 新潟 地域 合併 協議 会 Web Site - 総務 省 }」 を 2004 年 1 月 29 日 に 設置 し た 。

しかし 新津 市 は 、 2004 年 2 月 に 行わ れ た 市長 選 で 合併 推進 派 の 候補 が 当選 し 、 同時に 行わ れ た 新潟 市 と の 合併 の 是非 を 問う 住民 投票 で も 合併 が 賛成 多数 と なっ た の を 受け 、 「 新潟 市 ・ 新津 市 合併 協議 会 { Refnest | group =" 注 "| 新潟 市 ・ 新津 市 合併 協議 会 }{ Refnest | group =" 注 "| 新潟 市 ・ 新津 市 合併 協議 会 - 総務 省 }」（ 法定 協議 会 ） を 2004 年 4 月 16 日 に 設置 し 、 法定 協議 に 改めて 合流 （ 協議 会 は 別 だ が 、 協議 そのもの は 前 出 12 市町村 と 同時 進行 ） 。

再び 新潟 市 を 含め た 13 市町村 による 協議 が 進め られる こと に なり 、 新潟 市 周辺 の 12 市町村 は 2005 年 ( 平成 17 年 ) 3 月 21 日 に 新潟 市 と 合併 し た 。

新潟 市 の 周辺 12 市町村 と の 合併 協議 が 進む 中 、 2004 年 1 月 に 巻 町 で は 新た な 町長 が 就任 。

2004 年 5 月 に 18 歳 以上 の 全 町民 を 対象 に 合併 に関する アンケート を 実施 し た 結果 、 一番 多かっ た 「 新潟 市 と の 合併 を 推進 する べき 」 という 町民 の 意見 を 反映 さ せる べく 、 6 月 1 日 に 新潟 市長 に 合併 協議 を 始め たい 旨 を 伝え た 。

2004 年 8 月 に 、 巻 町 で 新潟 市 と の 合併 是非 を 問う 住民 投票 が 行わ れ 、 賛成 多数 で 巻 町 が 新潟 市 と の 合併 協議 に 参加 する こと と なっ た 。

そして 同年 10 月 18 日 に 「 新潟 市 ・ 巻 町 合併 問題 協議 会 { Refnest | group =" 注 "| 新潟 市 ・ 巻 町 合併 問題 協議 会 }」（ 任意 合併 協議 会 ） が 設置 さ れ 、 第 1 回 協議 が 行わ れ た 。

2005 年 1 月 に 「 新潟 市 ・ 巻 町 合併 協議 会 { Refnest | group =" 注 "| 新潟 市 ・ 巻 町 合併 協議 会 }」（ 法定 協議 会 ） に 移行 し 、 合併 期日 は 同年 10 月 10 日 に 設定 さ れ た 。

編入 さ れ た 各 市町村 の 地名 は 「 郡 市町村 」 と 「 大字 」 を 除い た 表記 と なり （ 例 ： 西蒲原 郡 月潟 村 大字 月潟 → 新潟 市 月潟 。

但し 、 亀田 地区 で 住居 表示 未 実施 の 地区 は 「 大字 」 表記 を 存続 ） 、 13 市町村 間 で 重複 する 地名 について は 、 旧 市町村 名 や 東西 南北 を 付し た 表記 に 改め られ た （ 例 ： 中蒲原 郡 亀田 町 四 ッ 興野 → 新潟 市 亀田 四 ッ 興野 、 白根 市 大字 田中 → 新潟 市 南田中 ） 。

期間 限定 の 市町村 合併 支援 プラン { Refnest | group =" 注 "| 市町村 合併 支援 プラン （ 平成 13 年 8 月 30 日 市町村 合併 支援 本部 ）} に従い 、 政令 指定 都市 の 人口 要件 緩和 措置 等 を 満たし た 新潟 市 は 、 2006 年 10 月 24 日 の 閣議 で 指定 都市 へ の 移行 が 決定 し た （ 2007 年 4 月 1 日 に 移行 ） 。

2005 年 8 月 30 日 に 「 行政 区画 の 編成 及び 区役所 の 位置 { Refnest | group =" 注 "| 新潟 市 答申 位置 図 　 新潟 市 }」 について 、 2006 年 3 月 28 日 に 「 新潟 市 の 行政 区 の 名称 { Refnest | group =" 注 "| 新潟 市 行政 区画 審議 会 区 名 答申 　 新潟 市 }」 について の 答申 が 出さ れ 、 同年 12 月 18 日 に 新潟 市議会 で 可決 さ れ た 。

市内 で 唯一 「 大字 」 表記 を 存続 し て い た 亀田 地区 は 政令市 移行 とともに 大字 を 全廃 し （ 例 ： 新潟 市 大字 亀田 → 新潟 市 江南 区 亀田 ） 、 これ によって 市内 の 大字 を 冠する 地名 は 全廃 さ れ た 。

また 8 行政 区間 で 重複 する 地名 は 地元 住民 など と の 協議 の 上 、 地区 名 や 東西 南北 を 冠し た まま の ケース （ 例 ： 新潟 市 亀田 四 ッ 興野 、 白根 四 ッ 興野 → 新潟 市 江南 区 亀田 四 ッ 興野 、 南 区 白根 四 ッ 興野 ） と 、 地区 名 や 東西 南北 を 外し て 編入 前 の 地名 に 復し た ケース （ 例 1 ： 新潟 市 南田中 → 新潟 市 南 区 田中 ） （ 例 2 ： 新潟 市 豊栄 美里 、 潟東 美里 → 新潟 市 北 区 美里 、 西 蒲 区 美里 。

20 世紀 中 は 、 政令 指定 都市 移行 に 「 人口 100 万 以上 、 または 、 近い 将来 人口 100 万 人 を 超える 見込み の 80 万 人 以上 の 人口 」 が 必要 （ 参照 ） と み られ て い た ため 、 新潟 市 が 政令市 と なる ため 100 万 都市 と なる よう な 合併 の 枠組み の 提言 が なさ れ た 。

2001 年 8 月 30 日 の 市町村 合併 支援 プラン 決定 により 、 人口 要件 は 期間 限定 で 緩和 さ れ 、 新潟 市 の 政令市 移行 も 実現 し た が 、 周辺 自治体 の 財政 状況 など 諸般 の 事情 により 、 今 も なお 合併 を 模索 する 動き が ある 。

新潟 市 が 制作 費 の 一部 2 , 000 万 円 を 拠出 し 、 新発田 市 出身 の たか たかし が 作詞 、 新潟 市 に 在住 歴 の ある 遠藤 実 が 作曲 を 手懸け 、 新潟 市 出身 の 小林 幸子 が 歌う テーマ ソング は 『 越佐 海峡 』 の 仮題 で 制作 が 進め られ て い た 。

しかし 10 月 23 日 に 発生 し た 新潟 県 中越 地震 を 受け 、 タイトル と アレンジ を 急遽 変更 、 歌詞 も 被災 地 へ の 激励 を 込め た もの に 一部 を 手直し し た 『 越後 絶唱 』 が 完成 し た 。

阿賀 町 （ あ が まち ） は 、 新潟 県 東蒲原 郡 に ある 町 。