第 二 次 大戦 後 、 大堂 再建 に 伴う 旧 宗祖 奉安 殿 移設 により 、 元 の 場所 より やや 北側 の 現在地 に 移さ れ た 。

駅 施設 は 、 太平洋戦争 末期 （ 1945 年 7 月 ） に 防火 帯 と する ため に 強制 疎開 し 更地 と なっ た 五条 通 南側 の 空地 と 鴨川 の 間 （ 琵琶湖 疏水 の 上 ） に あっ た が 、 1955 年 頃 に 事業 化 さ れ た 五条 通 の 拡幅 に ともない 、 その 障害 と なる 駅 施設 を 五条 通 の 北側 に 移設 の うえ 、 1959 年 ・ 現在 の 五条 大橋 が 竣工 し た 。

1938 年 （ 昭和 13 年 ） 、 玉 電 ビル 建設 の ため 、 玉 電 渋谷 駅 を 道玄坂 方向 に 後退 し た 仮設 駅 に 移設 。

同年 12 月 に 東京 高速 鉄道 （ 現 ・ 東京 メトロ 銀座 線 ） 渋谷 駅 が 仮設 の よう な 形 で 玉 電 ビル 3 階 に 設置 さ れ 、 続い て 2 階 に 玉 電 渋谷 駅 が 移設 さ れる 。

駅南 の ロータリー の 整備 により 「 JR 住道 」 バス停 が 南口 に 移設 さ れ 、 路線 再編 （ 八尾 - 萱島 直通 便 の 増発 など ） の 上 、 萱島 発着 便 も JR 住道 を 経由 する よう に なっ た 。

現在 運用 さ れ て いる 観測 所 の 数 と は 別に 、 観測 所 の 移設 や 臨時 観測 所 の 設置 など が 行わ れ た 影響 で 、 観測 所 と なっ た 地点 の 数 は 通算 2 , 000 か所 を 超える 。

また ， 盆地 内 に あり 風 の 測定 に 影響 が ある 雲仙岳 特別 地域 気象 観測 所 の よう に 、 近く の 山頂 に 測 風 塔 のみ 移設 し て 風 の 観測 し て いる 場合 も ある 。

運転 台 直前 に あっ た 蒸気 ドーム は ボイラー 中央 部 に 移設 さ れ 、 元 の ドーム 位置 に は 汽笛 が 設け られ て いる 。

一方 、 仙台 城 に 設置 さ れ て い た 「 伊達 政 宗 公 平和 像 」 は 同年 、 政 宗 が 仙台 城 に 移る 前 に 居城 と し て い た 岩出 山城 （ 現 ・ 宮城 県 大崎 市 岩出山 ） に 移設 さ れ た 。

1998 年 （ 平成 10 年 ） 3 月 から 始まっ た 本丸 北 壁 石垣 修復 に 伴い 、 同年 5 月 に （ 第 2 代 ） 「 伊達 政 宗 騎馬 像 」 を 南側 に 約 20 m 移設 し た 。

長らく 気動車 2 両分 のみ の ホーム で 、 米原 駅 ・ 彦根 駅 発着 の 区間 運転 の 気動車 以外 は 通過 する 小さな 駅 で あっ た が 、 1991 年 の 長浜 駅 まで の 直流 化 ・ 新 快速 乗り入れ に 合わせ 、 駅 の 移設 と 駅舎 ・ 駐車 場 設置 が 行わ れ た 。

駅舎 は 、 1990 年 に 大阪 市 鶴見緑地 で 開催 さ れ た 国際 花 と 緑 の 博覧 会 の 山 の 駅 を 移設 し た もの 。

今後 は 北口 広場 において 既存 の 市営 駐車 場 と 駐輪場 を 高架 下 に 移設 し 、 北口 広場 の 再 整備 を 行い 、 既存 施設 の 移動 が 完了 次第 、 コンコース 西側 の 高架 下 （ 1 , 191 m 2 ） に 「 観光 交流 センター 」 や 誘客 効果 が 見込める 有名 店 を 含む 商業 施設 を 設置 する 予定 で ある 。

廃 駅 後 、 貨車 駅舎 は トロッコ 王国 美深 にて 再 利用 さ れる こと と なり 、 2006 年 （ 平成 18 年 ） 7 月 3 日 に 旧 ・ 仁宇布 駅 構内 で ある 敷地 内 に 移設 さ れ た 。

2009 年 5 月 22 日 に は 交通 広場 の 整備 に 伴い 高速 バス 乗降 場 が 移設 開業 し 、 新た な 一 面 を のぞかせ つつ ある 。

エンジン 出力 の 向上 、 陳腐 化 し た ダミーグリル・リアデザイン の モダナイズ や 、 スペア タイヤ の エンジン ルーム へ の 移設 （ トランクス ペース の 拡大 ） が 施さ れ た が 、 根本 的 な パッケージング の 悪 さ による 車内 の 狭 さ と 、 元来 の 車 重 過大 ・ パワー 不足 による 動力 性能 の 低 さ は 解決 困難 で 、 その 末期 に は スペック・ 販売 実績 とも 軽 乗用車 市場 の 中 で は 最下位 に 位置 する 存在 と なっ て しまっ た 。

移設 さ れ た 関係 で 施設 は 比較的 新しい 。

内容 として は 、 ボイラー の 整備 、 炭水車 や 除 煙 板 （ デフレクター ） など に 適用 さ れ た 代用 設計 品 を 制式 品 に 整備 、 給水 温め 器 の 移設 、 自動 給 炭 機 （ ストーカー ） の 設置 など 広範囲 に 及ん だ 。

大正 元年 （ 1912 年 ） 、 貸座敷 取締 規制 改正 により 四条 通 両側 、 縄手 通 （ 大和大路 通 ） における お茶屋 営業 が 禁止 さ れ 、 四条 通 に 面し て い た 一 力 亭 は 入口 を 花見 小路 側 に 移設 し た 。

2009 年 12 月 下旬 に は 自動 券売 機 など が 仮設 壁面 に 移設 さ れ た 後 、 2010 年 3 月 5 日 に 西側 に 拡張 さ れ た 駅舎 に 新設 さ れ た 自動 券売 機 が 使用 開始 と なっ た 。