その ため 新 政府 軍 にとって 新潟 の 制圧 は 最 重要 課題 で あっ た 。

新 政府 軍 は 、 軍艦 「 第 一 丁 卯 」 （ 長州 藩 ） ・ 「 摂津 丸 」 （ 広島 藩 運用 ） および 輸送 船 「 千 別 丸 」 （ 柳河 藩 ） ・ 「 大鵬 丸 」 （ 筑前 藩 ） ・ 「 銀 懐 丸 」 （ 加賀 藩 ） ・ 「 万 年 丸 」 （ 広島 藩 運用 ） から 成り 山田 顕 義 を 指揮 官 と する 艦隊 を 投じ て 、 7 月 25 日 （ 9 月 11 日 ） に 新発田 藩 領 の 太夫浜 （ 現 新潟 市 北 区 ） へ 上陸 戦 を 開始 。

黒田 清隆 を 指揮 官 と する 新 政府 軍 上陸 部隊 は 、 色部 久 長 の 指揮 する 米沢 藩 兵 ・ 会津 藩 兵 ・ 仙台 藩 兵 を 撃破 し て 、 7 月 29 日 （ 9 月 15 日 ） に 新潟 港 を 制圧 し た 。

開幕 戦 の 柏 戦 で 0 - 3 で 大敗 し た が 、 小野 、 高原 など の 活躍 も あり 、 その後 は 6 勝 4 分け 1 敗 と 好調 を 維持 し 上位 を 伺う 位置 に つけ た が 、 第 6 節 C 大阪 、 第 19 節 広島 、 第 20 節 新潟 と 夏場 の アウェー 3 連戦 全て を 0 - 4 で 大敗 し 3 連敗 。

一方 で 太田 宏 介 が FC 東京 、 ボスナー が 水原 三星 ブルーウィングス へ それぞれ 完全 移籍 、 永井 雄一郎 が 横浜 FC 、 木島 悠 が 大分 、 山本 真希 が 札幌 、 児玉 新 が C 大阪 、 岡 根 直哉 が 山形 、 竹内 涼 が 北九州 へ 期限 付き 移籍 、 熊本 へ 期限 付き 移籍 し て い た 長沢 駿 は 京都 、 新潟 へ 期限 付き 移籍 し て い た 武田 洋平 は G 大阪 へ 期限 付き 移籍 、 熊本 に 期限 付き 移籍 の 廣 井 友信 の 期限 付き 移籍 期間 が 延長 。

また 、 J 1 ・ 1 st 第 15 節 新潟 戦 で 家長 昭博 が J リーグ 史上 初 と なる 2 種 登録 選手 による デビュー 戦 で の 初 得点 を 挙げ た 。

新潟 から ペドロ・ジュニオール を 獲得 する も チーム へ の フィット に 時間 が かかり 結果 は 出せ ず 、 一時 は 鹿島 と の 最大 勝ち 点差 が 19 と なっ た 。

15 位 の 新潟 と 勝 点差 6 （ ACL 出場 による 日程 変更 で リーグ 戦 試合 消化 は ガンバ が 新潟 より 1 試合 少ない 状態 ） の 16 位 と 降格 圏 に 低迷 。

2 年 ぶり の J 1 で 迎え た 2014 年 、 新潟 から 東口 順 昭 、 千葉 から 米倉 恒 貴 を 獲得 し 、 河田 晃 兵 が 3 年 ぶり 、 金 正也 が 2 年 ぶり に レンタル 先 から 復帰 。

その後 も モネール や 佐藤 一樹 など の 元 フリューゲルス 選手 が 入団 し て い た が 、 2005 年 8 月 に は アルビレックス 新潟 に 在籍 し て い た 山口 が 移籍 し 、 話題 と なっ た 。

一方 で 福岡 より リンコン 、 新潟 から 三田 光 、 FC 東京 から 阿部 吉 朗 、 山形 から 湘南 ユース 出身 の 臼井 幸平 を 獲得 。

海外 で 選手 を 育成 しよ う という 意図 として は 同じ もの で は ある が 、 アルビレックス 新潟 が 母体 と なり 設立 さ れ た アルビレックス 新潟 シンガポール 、 また 、 プロ 野球 広島東洋カープ が 直接 運営 する カープ アカデミー など と は 異なっ た 組織 と なっ て いる 2013 年 、 福島 ユナイテッド FC と の 業務 提携 を 行っ た 。

明神 智和 が G 大阪 、 波戸 康広 ・ 土屋 征夫 が 大宮 、 玉田 圭 司 が 名古屋 、 大野 敏隆 が 東京 V 、 矢野 貴章 ・ 永田 充 が 新潟 へ 完全 移籍 し た が 、 4 年 ぶり の 復帰 と なっ た 北嶋 秀朗 を 清水 から 完全 移籍 で 、 SE パルメイラス から 前年 神戸 で プレー し て い た ディエゴ を 期限 付き 移籍 で 獲得 し た 。

補強 面 で は 、 アルビレックス 新潟 から 鈴木 大輔 、 横浜 FM から 谷口 博之 と 狩野 健太 、 山形 から 柏 ユース 出身 の 太田 徹郎 、 K リーグ ･ 釜山 アイパーク から 金昌洙 を 完全 移籍 、 CSL ・ 広州 恒 大 から クレオ を 期限 付き 移籍 で それぞれ 獲得 。

J 1 第 28 節 の 鹿島 戦 から 第 34 節 の 新潟 戦 まで 7 連勝 の 4 位 で シーズン を 終了 し た 。

森下 俊 が 川崎 へ 完全 移籍 、 中村 太 亮 が 新潟 へ 期限 付き 移籍 し た 一方 、 中国 ・ 陝西 宝栄 から バヤリッツァ 、 徳島 から 倉 貫一 毅 を 完全 移籍 で 、 浦和 から 原 一樹 ら を 期限 付き 移籍 で 獲得 し た 。

シーズン 途中 に 三浦 が 退団 し た 一方 、 浦和 から MF 酒井 友之 、 新潟 から MF ディビッドソン 純 マーカス 、 福岡 から レンタル で 古賀 誠史 ら を 獲得 。

2012 年 途中 から 就任 し た ブローロフィジカルコーチ が 名古屋 へ 移籍 し 、 2007 年 まで 新潟 で フィジカルコーチ を 務め た フラビオ が フィジカルコーチ に 就任 し た 。

開幕 戦 で 新潟 に 敗れ て 以降 、 開幕 から 9 連敗 ( J リーグ 杯 ・ 磐田 戦 を 含める と 公式 戦 10 連敗 )。

10 月 22 日 に 新潟 に 敗戦 し て J 2 降格 が 決定 。