本省 予算 の うち 23 兆 2701 億 5500 万 円 は 国債 費 で ある 。

本省 予算 の うち 義務 教育 費 国庫 負担 金 の 1 兆 5575 億 2800 万 円 （ 対 本省 比 29 . 4 %） および 国立 大学 法人 運営 費 の 1 兆 1366 億 1200 万 円 （ 21 . 4 %） が 大きな 比重 を しめる 。

経費 別 に は 社会 保障 関係 費 が 最大 で 30 兆 2251 億 1300 万 円 と 、 所管 歳出 予算 の 大 部分 を 占める 。

その 内訳 は 、 年金 医療 介護 保険 給付 費 が 22 兆 4890 億 6900 万 円 、 生活 保護 費 が 2 兆 9221 億 6700 万 円 、 社会 福祉 費 が 4 兆 2223 億 4900 万 円 など と なっ て いる 。

予算 全体 から 国債 費 を 除い た 額 （ 基礎 的 財政 収支 対象 経費 ） に しめる 割合 は 1 . 3 % と なる 。

共通 費 を 除い た 主 な 予算 項目 （ 100 億 円 以上 ） として は 、 本省 所管 で は 「 独立 行政 法人 産業 技術 総合 研究所 運営 費 」 が 582 億 1300 万 、 「 もの づくり 産業 振興 費 」 が 149 億 800 万 円 、 「 独立 行政 法人 日本 貿易 振興 機構 運営 費 」 が 213 億 4800 万 円 、 「 独立 行政 法人 新 エネルギー ・ 産業 技術 総合 開発 機構 運営 費 」 が 164 億 4100 万 円 が ある 。

資源エネルギー庁 で は 「 石油 石炭 税 財源 燃料 安定 供給 対策 及 エネルギー 需給 構造 高度 化 対策 費 エネルギー 対策 特別 会計 へ 繰 入 」 に 4531 億 円 、 「 電源 開発 促進 税 財源 電源 立地 対策 及電 源 利用 対策 費 エネルギー 対策 特別 会計 へ 繰 入 」 が 1118 億 円 と なっ て いる 。

中小企業庁 は 「 経営 革新 ・ 創業 促進 費 」 に 384 億 9500 万 円 、 「 中小 企業 事業 環境 整備 費 」 に 268 億 7400 万 円 、 「 独立 行政 法人 中小 企業 基盤 整備 機構 運営 費 」 184 億 9800 万 円 が ある 。

主 な もの に 、 環境 保全 政策 （ 第 1 号 ） 、 地球 環境 保全 に関する 行政 機関 の 経費 および 試験 研究 委託 費 の 配分 計画 （ 第 3 号 ） 、 国土 利用 計画 の 環境 保全 分野 （ 第 5 号 ） 、 特定 有害 廃棄 物 等 の 輸出入 ・ 運搬 及び 処分 の 規制 （ 第 6 号 ） 、 南極 地域 の 環境 保護 （ 第 7 号 ） 、 環境 基準 の 設定 （ 第 8 号 ） 、 公害 防止 の ため の 規制 （ 第 9 号 ） 、 公害 に 係る 健康 被害 の 補償 及び 予防 （ 第 10 号 ） 、 自然 環境 が 優れ た 状態 を 維持 し て いる 地域 における 当該 自然 環境 の 保全 （ 第 12 号 ） 、 自然 公園 及び 温泉 の 保護 ・ 整備 （ 第 13 号 ） 、 景勝 地 及び 休養 地 並びに 公園 の 整備 （ 第 14 号 ） 、 皇居外苑 、 京都 御苑 及び 新宿 御苑 並びに 千鳥ケ淵 戦没 者 墓 苑 の 維持 及び 管理 （ 第 15 号 ） 、 野生 動植物 ・ 鳥獣 の 保護 及び 狩猟 の 適正 化 その他 生物 多様 性 の 確保 （ 第 16 号 ） 、 廃棄 物 の 排出 の 抑制 及び 適正 な 処理 （ 第 18 号 ） 、 原子 炉 事故 により 放出 さ れ た 放射 性 物質 による 環境 の 汚染 へ の 対処 （ 第 19 号 の 2 ） 、 石綿 による 健康 被害 の 救済 （ 第 20 号 ） 、 工場 立地 ・ 化学 物質 ・ 農薬 の 規制 （ 第 22 号 ホヌヲ ） 、 放射 性 物質 の 監視 及び 測定 （ 第 22 号 チ ） 、 温室 効果 ガス 排出 の 抑制 （ 第 22 号 イ ） 、 原子力 利用 の 安全 確保 に関する こと など が ある 。

共通 費 を 除く 主 な 科目 は 「 石油 石炭 税 財源 エネルギー 需給 構造 高度 化 対策 費 エネルギー 対策 特別 会計 へ 繰 入 」 （ 環境 本省 ） が 455 億 円 、 廃棄 物 処理 施設 整備 費 （ 同 ） が 670 億 2100 万 、 「 電源 開発 促進 税 財源 原子力 安全 規制 対策 費 エネルギー 対策 特別 会計 へ 繰 入 」 （ 原子力 規制 委員 会 ） が 342 億 1800 万 円 など 。

2002 年 の 名古屋 刑務所 における 受刑 者 死亡 事件 、 検察庁 で の 「 調査 活動 費 」 不正 流用 疑惑 など の 不祥事 が 明るみ に 出 た 。

田中 外相 は 人事 凍結 方針 を 打ち出し 、 外務省 が それ に 反発 、 外務省 は 機密 費 流用 問題 、 公金 流用 疑惑 、 裏金 など の 不祥事 が 続出 し 、 田中 外相 は 外務省 を 伏魔殿 と 呼び 、 外務省 改革 を 唱え た 。

単一 の 省 として は 最も 多く の 職員 が 在籍 する 行政 機関 で あり 、 防衛 省 職員 へ の 給与 は 国家 公務員 給与 費 の 4 割 以上 を 占める 。

本省 予算 の 内訳 は 、 防衛 本省 共通 費 が 9879 億 5200 万 円 、 自衛 官 給与 費 が 1 兆 3526 億 9900 万 円 、 武器 車両 等 整備 費 が 9288 億 8100 万 円 、 航空機 整備 費 が 5117 億 2000 万 円 、 艦船 整備 費 （ 継続 費 含む ） が 1972 億 9800 万 円 、 防衛 施設 安定 運用 関連 諸費 が 2666 億 8100 万 円 、 在日 米 軍 等 駐留 関連 諸費 が 2727 億 2200 万 円 など と なっ て いる 。

使わ れる 医療 費 は 、 1994 年 の 推計 で は 年間 1200 - 1500 億 円 と さ れ た 。

1998 年 の 調査 で は 、 有 病 率 10 % と し た 場合 の 年間 医療 費 が 2860 億 円 、 労働 損失 が 年間 650 億 円 と 推定 さ れ た 。

この 経営 の 厳し さ の 一因 に は 、 地下鉄 建設 の 計画 時 の 予算 に 比べ 、 実際 の 建設 費 が 大幅 に 増大 し た こと が 挙げ られる 。

プルトニウム は 放射能 が 強い ため 取り扱い は 難しく 、 生産 に 黒鉛 炉 または 重水 炉 、 再 処理 工場 の 建設 費 が かかる が 、 副産物 として 電力 が 得 られ 、 1 発 あたり 生産 コスト が トータル で は ウラン 原爆 より 安価 に 済み 、 核兵器 量産 に 向く ため 、 現在 は 5 大国 と 北朝鮮 の 核兵器 生産 は プルトニウム が 主体 で ある 。

科目 内訳 は 気象 官署 共通 費 が 356 億 1100 万 円 （ 60 . 5 %）、 気象 官署 施設 費 が 2 億 9200 万 円 （ 0 . 496 %）、 観測 予報 等 業務 費 が 204 億 4500 万 円 （ 34 . 7 %）、 気象 研究所 が 25 億 3600 万 円 （ 4 . 31 %） と なっ て いる 。

物件 費 および 人件 費 で 分ける と 、 前者 は 237 億 7600 万 円 で 後者 が 351 億 900 万 円 と なる 。