しかし 、 関ヶ原 の 戦い が 終わり 豊臣 家 が 衰退 する と 、 土御門 久 脩 （ つ ち みか ど ひ さ な が ） は 、 徳川 氏 に 「 陰陽 道 宗家 」 として 認め られ 、 慶長 5 年 （ 1600 年 ） に は 宮廷 出仕 を 再開 する 事 に なっ た 。

土御門 久 脩 の 後 、 泰 重 ・ 泰広 と 続き 、 その後 の 泰 福 が 陰陽 頭 に なっ た 時 （ 天和 3 年 5 月 （ 1683 年 ） ） 諸国 の 陰陽 道 の 支配 を 土御門 家 に 仰せ付ける 旨 の 「 霊 元 天皇 綸旨 」 が 下さ れ た 。

同時に 、 徳川 綱吉 の 朱印 状 によって も 認め られ 、 土御門 は 全国 の 陰陽 師 の 統括 と 、 造 暦 の 権利 を 掌握 する こと に なっ た 。

一般 的 に は これ が 「 土御門 神道 」 の 開始 と 言わ れ て いる 。

土御門 家 の 陰陽 道 組織 化 は 、 幕末 に は 全国 に 広まっ た が 、 明治維新 後 の 明治 3 年 （ 1870 年 ） に 陰陽 寮 が 廃止 さ れ 、 太政官 から 土御門 に対して 、 天文学 ・ 暦学 の 事 は 、 以後 大 学寮 の 管轄 に なる と 言い渡し を 受ける 。

安家 神道 （ 土御門 神道 ） は 、 そうした 状況 の 中 で 古 神道 など の 影響 を 受け ながら 、 かつて の 関係 者 の 手 によって 守ら れ た 、 現代 の 陰陽 道 で ある 。

現在 は 、 かつて の 土御門 家 の 領地 で あっ た 福井 県 おおい 町 （ 旧 名田庄 村 地区 ） に 日本 一 社 陰陽 道 宗家 「 土御門 神道 本庁 」 が 置か れ て いる 。

家名 の 由来 は 、 正親町 東洞 院 南西 角 に 屋敷 に あっ た こと に 由来 し て いる が 、 その 屋敷 が 土御門 東洞 院 殿 の 裏築地 に 面し て い た こと から 、 裏築地 （ うら つい じ ） もしくは それ が 変じ た 裏 辻 （ うら つ じ ） と も 称し た 。

後 に 後 嵯峨天皇 の 大叔父 として 、 弟 の 土御門 定 通 とともに 権勢 を 振るい 、 寛 元 4 年 （ 1246 年 ） 12 月 24 日 に 西園寺 実 氏 の 後 に 従 一 位 太政大臣 に 昇っ た 。

後任 に は 権 中納言 ・ 土御門 通 親 が 就任 する こと が 有力 視 さ れ て い た が 、 親 宗 は 参議 ・ 左 大 弁 で あり ながら 「 平 氏 も 王 孫 で ある から 両院 別当 に なる 資格 が ある 」 と 主張 し て 通 親 を 激怒 さ せ た 。

土御門 通 方 と も 。

土御門 殿 （ つ ち み か どど の ） は 、 平安 時代 に 平安京 左京 1 条 4 坊 16 町 （ 後 に 同 15 町 に も 拡張 ） （ 土御門 大路 南京極 大路 西 ） に 建て られ た 寝殿造 の 邸宅 。

邸宅 の 名 は 上東 門 に 至る 土御門 大路 に 面し て いる こと に 由来 し 、 土御門 院 、 京極 殿 （ 院 ） 、 上東 門 殿 （ 院 ） 等 と も 呼ば れ た 。

道長 の 姉 で ある 詮 子 は 、 正 暦 2 年 （ 991 年 ） に 院号 宣下 を 受け て 東三条 院 と なっ た 後 、 主 に 土御門 殿 を その 御所 と し た 。

道長 の 日記 『 御堂 関白 記 』 に よれ ば 、 長和 4 年 （ 1015 年 ） 北 宋朝 から 孔雀 が 朝廷 に 届き 、 これ を 時 の 三条 天皇 が 道長 に 下賜 し 、 道長 は 土御門 殿 で 飼っ て い た と いう 。

だが 、 陰陽 道 において は 土御門 家 が 、 暦学 において は 幕府 天文 方 が 圧迫 を 加え た ため に 、 後世 の 幸 徳井 家 は 専ら 暦 注 のみ を 担当 する に とどまっ た 。

翌年 に は 任国 から 平安京 に 召還 さ れ て 藤原 道長 の 屋敷 （ 土御門 殿 ） にて 開か れ た 諸道 論議 の 場 に 参加 し て いる 。

曹洞宗 の 開祖 で ある 道元 （ 1200 年 - 1253 年 ） は 、 内大臣 で あっ た 土御門 通 親 （ 久我 通 親 ） の 子息 として 京 に 生まれ た 。

当時 、 朝廷 の 中枢 に あっ た 土御門 通 親 は 、 政敵 で ある 九条 兼 実 や 彼 と 結びつく 源 頼朝 と 対立 関係 に あっ た ものの 、 兼 実 失脚 後 は 頼朝 の 鎌倉 幕府 の 権威 の 増大 に対して これ と 融和 し て 政権 維持 を 図っ た 。

新 古今 和歌集 で 源 通 親 （ 土御門 内大臣 ） が 、 「 位山 あと を た づねてのぼれども 　 子 を 思ふ 道 に なほ 迷 ひ ぬる 」 と 詠ん で いる 。