現在 、 柏 キャンパス に ある 緩和 ケア 病棟 は 、 この とき に 旧 国立 療養 所 松戸 病院 に 開設 さ れ て い た ターミナルケア 病棟 を 発展 的 に 引き継い だ もの で ある 。

この 東 病院 が 「 国立 病院 として は 超 一流 の 建物 」 で あっ た こと に 触発 さ れ 、 当時 の バブル 経済 下 、 築地 キャンパス の 病院 について も 「 世界 で 最高 」 の 新 棟 建設 が 計画 さ れ た 。

こうした 計画 は 、 病院 長 が 病院 建設 に ほとんど 関与 でき ず 、 厚生 労働省 から 出向 し た 役人 を 中心 と し た 『 運営 局 』 が 、 民間 に 比べ て 破格 の 建設 費用 を つぎ込ん だ ため で あり （ 一般 に 病院 の 建設 コスト は 一 床 あたり 約 3 千 万 円 で ある の に対して 、 センター の 場合 は 7 ～ 8 千 万 円 に 達し た ） 、 これら の 結果 、 独 法 化 前 の 借金 は 500 ～ 600 億 に 達し た と さ れ て いる 。

結果 として 、 1998 年 10 月 に 新 棟 が 竣工 さ れ 、 1999 年 1 月 より 「 中央 病院 」 として 診療 を 開始 し た 。

始め に 、 病院 と 研究所 を つなぎ 両者 を 補佐 する と さ れ た 運営 部 の 権限 の 肥大 化 で ある 。

この 運営 部長 は 、 総長 に 次ぐ ポジション で あり 、 病院 長 より も 上 に 位置 し て いる に も かかわら ず 、 本省 から 出向 し た 現場 を 知ら ない 官僚 が 座っ て い た から だ 。

加え て 、 看護 師 、 放射線 技師 、 臨床 検査 技師 、 事務 職員 について も 、 その 任命 権 者 は 総長 に あり ながら 、 実際 の 指名 者 が 本省 に なっ て しまっ て おり 、 総長 や 病院 長 による ガバナンス が 機能 不全 に 陥っ て い た 。

こうした ガバナンス の 不在 は 、 病院 事務 職員 の 3 , 040 万 円 の 横領 事件 や 麻酔 科 医 一斉 退職 、 数々 の 週刊 誌 沙汰 など として 現れる こと に も なっ た 。

独 法 化 前 の 病院 長 で あっ た 土屋 了 介 の 当時 の 発言 を 借りれ ば 、 「 日本 を 代表 する がん の 臨床 現場 で あり 、 専門 家 が そろっ た この センター で 、 いま 必要 と さ れ て いる の は 、 現場 の 自主 独立 だ 。

国立 高度 専門 医療 センター 等 を 除く 国立 病院 ・ 療養 所 は 2004 年 から 独立 行政 法人 国立 病院 機構 へ 移行 し て い た が 、 国立 がん センター は 厚生 労働省 直営 の 施設 等 機関 として そのまま 残さ れ て い た 。

この 公募 に対して は 、 当時 の 総長 の 廣 橋 説 雄 を 含め て 5 人 の 応募 が あっ た が 、 選考 委員 会 による 選考 の 結果 、 国立 がん 研究 センター の 初代 の 理事 長 予定 者 に は 、 山形大学 医学部 および 附属 病院 の 改革 で 名 を 馳せ て い た 嘉山 孝正 が 選ば れ た 。

しかし 、 嘉山 は 、 当初 、 各界 から 理事 長 公募 へ の 要請 を 受け て い た ものの 、 山形大学 の 改革 、 および 全国 医学 部長 病院 長 会議 や 国立 大学 医学 部長 病院 長 会議 の 立場 から 取り組ん で き た 日本 の 教育 改革 が 途上 に あっ た こと 、 さらに は 、 「 がん センター の 役割 、 必要 性 に 疑問 を 持っ て い た 」 こと から 固辞 し て い た 。

また 、 この 結果 を 受け て 3 月 に は 中央 病院 長 の 土屋 了 介 が 辞意 を 表明 し た ため 、 嘉山 が 中央 病院 長 を 併任 する こと に なっ た 。

そして 、 独 法 化 後 2 か月 の 間 で 、 診療 体制 の 抜本 的 な 見直し 、 各種 委員 会 組織 の 再編 ・ 統合 （ 病院 と 研究所 の 連結 ） 、 治験 の 実施 状況 ・ 治療 成績 の 公開 、 「 がん 対話 外来 」 の 設置 、 総合 内科 の 新設 、 レジデント の 処遇 改善 、 東京大学 と の 連携 大学院 構想 など 「 新生 NCC 」 の 取り組み が 進め られる とともに 、 「 世界 最高 の 医療 と 研究 を 行う 」 、 「 患者 目線 で 政策 立案 を 行う 」 と する 理念 と 「 がん 難民 を つくら ない 」 など の 使命 が 発表 さ れ た 。

さらに 、 ドラッグラグ の 解消 を 目指し て 、 全国 377 の がん 診療 連携 拠点 病院 を とりまとめ 、 がん 治療 薬 の 治験 の 共同 実施 を 行う 枠組み を 整備 し て いる （ 2011 年 １月 より 実施 ） 。

研究 面 で の 改革 は 、 病院 と 研究 センター の 連携 を 深める ため に 、 2011 年 2 月 から 「 リサーチ カンファレンス 」 を 開始 。

病院 と 研究所 、 双方 の スタッフ が 参加 し 、 闊達 な 議論 を たたかわ せる カンファレンス を 月 1 回 開催 し 、 臨床 と 研究 の 連携 を 強化 する とともに 研究 成果 の 検証 も 行っ て いる 。

2011 年 5 月 から は 、 中央 病院 と 東 病院 において 「 バイオ バンク （ 検体 バンク ） 」 を 試験 的 に 実施 、 秋 から 本格 的 な 稼働 に 入っ た 。

産 官 連携 で は 、 すでに 、 CICS と 世界 初 の 病院 設置 型 加速器 による ホウ素 中性子 捕捉 療法 に関する 共同 研究 が 始まっ て いる 。

また 、 人事 面 で は 、 独 法 化 以前 の 中央 官庁 や 国立 病院 機構 と の 「 周り 人事 」 が 、 独 法 化 すぐ の 中央 病院 看護 部長 の 異動 辞令 を 機 に とりやめ られ た 。