富子 は 義 視 が 西 軍 に 逃亡 し た 後 も 土御門 内裏 が 炎上 し ない よう に 西 軍 の 大内 政弘 と 連絡 を 取り合っ て いる など 、 将軍 継嗣 の 問題 だけ で は 説明 が つか ない という 見方 も ある 。
文明 2 年 頃 に は 戦火 で 京都 の 寺社 や 公家 ・ 武家 邸 の 大半 が 消失 し 、 罹災 を 免れ た の は 土御門 内裏 など わずか で あっ た 。
実際 、 室町 幕府 の 支援 で 儀式 を 行っ た 後 花園 天皇 と 豊臣 政権 の 支援 で 儀式 を 行っ た 正親町 天皇 の 間 の 戦国 時代 に 在位 し た 3 代 の 天皇 （ 後 土御門 ・ 後 柏原 ・ 後 奈良 天皇 ） は 全て 在位 し た まま 崩御 し た 。
これ より 以前 に 、 道長 は 左大臣 ・ 源 雅信 の 娘 ・ 倫子 と 結婚 し 、 永 延 2 年 （ 988 年 ） に は 長女 彰子 が 雅信 の 土御門 殿 で 誕生 し て いる 。
寛弘 5 年 （ 1008 年 ） 9 月 、 入内 後 10 年 目 に し て 彰子 は 道長 の 土御門 殿 において 皇子 ・ 敦 成 親王 を 出産 し 、 翌年 に は さらに 年子 の 敦 良 親王 も 生まれ た 。
この 年 の 7 月 、 土御門 殿 が 火災 で 焼失 する 。
その 一方 で 、 前年 に 焼失 し た 内裏 の 再建 は 土御門 殿 の 再建 を 優先 する 受領 たち によって 疎か に さ れ 、 実 資 を 嘆か せ て いる （ 『 小 右記 』 寛仁 2 年 閏 4 月 27 日 条 ） 。
南北 朝 時代 の 1331 年 （ 元弘 元年 、 元 徳 3 年 ） 、 北朝 の 光 厳 天皇 が 土御門 東洞 院 殿 で 即位 し て から は 、 この 御殿 が 内裏 に 定め られ た 。
しかし 、 吉宗 の 急死 と 幕府 の 天文 方 に 政治 力 が なかっ た ため 、 朝廷 の 陰陽 頭 ・ 土御門 泰 邦 （ 土御門 家 参照 ） に 主導 権 を 奪わ れ て しまっ た 。
作品 中 で は 冒頭 の 土御門 家 の シーン や クライマックス の 辰 宮 恵子 と 護法 童子 と の 対決 シーン に 約 6 分間 使用 さ れ て いる 。
文明 9 年 （ 1477 年 ） に ようやく 西 軍 の 軍 は 引き上げ 、 京都 における 戦乱 は 終止符 を 打っ た が 、 この 翌日 、 富子 は 伝奏 広橋 兼 顕 に 「 土御門 内裏 が 炎上 し なかっ た の は 、 西 軍 の 大内 政弘 と 申し合わせ て い た から 」 という 趣旨 の 発言 を し て いる 。
朝廷 と 幕府 の 緊張 は しだいに 高まり 、 後鳥羽上皇 は 討幕 の 意志 を 固め た が 、 土御門 上皇 は これ に 反対 し 、 摂政 近衛 家 実 や その 父 基 通 を はじめ 多く の 公卿 達 も 反対 、 または 消極 的 で あっ た 。
討幕 計画 に 反対 し て い た 土御門 上皇 は 自ら 望ん で 土佐 国 へ 配流 さ れ た （ 後 に 阿波 国 へ 移さ れる ） 。
頼朝 は 次女 の 三 幡 を 入内 さ せよ う と 図る が 、 朝廷 の 実力 者 で ある 土御門 通 親 に 阻ま れる 。
倒幕 計画 に 反対 し て い た 土御門 上皇 は 自ら 望ん で 土佐 国 へ 配流 さ れ た （ 後 に 阿波 国 へ 移さ れる ） 。
新 天皇 の 外戚 （ 叔父 ） で ある 土御門 定 通 は 泰 時 の 妹 で ある 竹 殿 を 妻 と し て い た ため 、 以後 泰 時 は 定 通 を通じて 朝廷 内部 に も 勢力 を 浸透 さ せ て いく こと に なる 。
北小路 通 は 土御門 内裏 に 近く 、 敷地 だけ でも 御所 の 2 倍 に も 及ぶ 規模 の 将軍 邸 は 公家 社会 に対する 義満 の デモンストレーション を 兼ね て い た と 思わ れる 。
寛弘 5 年 （ 1008 年 ） 9 月 11 日 、 土御門 殿 にて 第 二 皇子 ・ 敦 成 親王 （ 後一条天皇 ） を 出産 。
数学 ・ 暦法 を 池田 昌 意 （ まさ おき ） に 、 天文 暦学 を 岡野 井 玄 貞 ・ 松田 順 承 に 、 和漢 の 書 および 垂 加 神道 を 山崎 闇斎 に 、 土御門 神道 を 土御門 泰 福 に 学ん だ 。
頼朝 は 宮廷 の 実力 者 で ある 土御門 通 親 と 丹後局 に さかん に 接触 を 図る 。