その後 、 貞 応元 年 （ 1222 年 ） ・ 文 永 10 年 （ 1273 年 ） ・ 建治 3 年 （ 1277 年 ） に も 火災 で 焼失 し て いる が 、 文 永 の 火災 後 に 後 深草 上皇 の 命 により 、 土御門 油小路 に 移転 する 。

更に 土御門 東洞 院 殿 の 施設 も 光 厳 天皇 以後 、 同 殿 が 里 内裏 として 固定 化 さ れ た ため に 応永 8 年 （ 1401 年 ） の 火災 に 伴う 再建 の 際 に 将軍 足利 義満 の 意向 で 土御門 東洞 院 殿 に 内裏 施設 を 再現 する ため に 長講 堂 に 代替 地 を 与え て 立ち退か せ た 。

土御門 殿 （ つ ち み か どど の ） は 、 平安京 左京 北辺 四 坊 六 町 に あっ た 村上 源 氏 の 本邸 。

北 は 正親町 小路 ・ 南 は 土御門 大路 ・ 西 は 万里小路 ・ 東 は 富小路 に 囲ま れ た 一方 40 丈 （ 約 121 m ） の 敷地 を 有し て い た 。

雅実 の 曾孫 で ある 源 通 親 が 「 土御門 」 を 号 し た の は この 邸宅 に 由来 する 。

また 、 同家 に 伝わる 有職故実 を 「 土御門 流 」 と 称する の も 同様 で ある 。

なお 、 師 房 の 孫 で 雅実 の 従弟 にあたる 源 師 時 の 邸宅 （ 後 の 土御門 内裏 ） も 土御門 殿 （ 土御門 第 ） と 称さ れ た が 、 本 項 の 土御門 殿 と は 違う 場所 （ 左京 一 条 三 坊 九 町 ） に あっ た 。

妙 御寺 一門 は 安倍 土御門 と 祖 を 同じ と する 由緒 正しい 家柄 で ある 。

一條 右大臣 または 土御門 右大臣 と 号す 。

土御門 帥 と 号す 。

一方 で 、 江戸 の 天文台 と は 別に 、 土御門 の 師範代 で ある 小出 兼 政 （ 字 ： 脩 喜 、 通称 ： 長十郎 ） ら も 『 ラランデ 暦 書 』 の 翻訳 を 試み て いる 。

それ に対し 片桐 は 、 土御門 院 姫君 に 奉っ た 嘉 禄 三 年 閏 三月 本 が 、 京極 為兼 に 伝わっ た 伊達 本 と 同じ だ と は 思え ず 、 更に その 嘉 禄 三 年 閏 三月 本 が 延 慶 両 卿 訴陳 状 に 見える 「 定家 卿 自筆 古今 者 、 後鳥羽 院 中納言 局 奉納 大神宮 本 」 だ と する と より 同一 と は 考え にくい と 、 伊達 本 嘉 禄 三 年 閏 三月 書写 説 を 否定 。

元 中 9 年 / 明徳 3 年 （ 1392 年 ） 南北 朝 合一 の 際 、 後 亀山天皇 に 供奉 し て 入洛 し た 南朝 廷臣 の 一 人 「 土御門 前 大納言 」 （ 『 南山 御 出 次第 』 ） と は 守 親 の こと で ある か 。

1842 年 に は 土御門 家 に 仕え 、 大坂 の 南本 町 に 私塾 を 開き 、 弟子 の 岩田 清 庸 ら を 指導 し た 。

建 久 七 年 の 政変 で 兼 実は 失脚 する が 、 政治 の 主導 権 を 握っ た 土御門 通 親 は 宗 頼 の 実務 能力 を 高く 評価 し て 厚遇 し 、 宗 頼 は 建 久 9 年 （ 1198 年 ） に 権 中納言 、 正治 元年 （ 1199 年 ） に 検非違使 別当 ・ 左衛門 督 、 建 仁 2 年 （ 1202 年 ） に は 権 大納言 と 急速 に 昇進 する 。

実基 は 久我 通 光 の 昇進 を 先例 として 前 内大臣 から 太政大臣 に 昇進 し た 2 人 目 で あり 、 その後 は 西園寺 実 兼 、 洞 院 公 守 、 土御門 定実 、 大炊 御門 信 嗣 、 三条 実 重 、 久我 通雄 が 鎌倉 時代 に 同様 の 昇進 を し た 。

また 、 秀才 に 補 さ れる など 学問 に も 明るく 、 土御門 ・ 順徳 両 天皇 の 侍読 や 、 文章 博士 ・ 東宮 学士 など も 務め た 。

『 夢魔 の 森 』 『 闇 の 大納言 』 など の 、 平安 を 舞台 に し た 、 陰陽 師 の 土御門 一族 を 軸 に 描く 王朝 ロマン 連作 「 土御門 クロニクル 」 で 、 陰陽 師 ブーム の 先駆 者 と なる 。

また 、 国司 として 蓄え た 財力 を もっ て 、 京 内 の 一 等地 で ある 藤原 道長 の 土御門 第 の 西 隣 に 邸宅 を 構える 。

長和 5 年 （ 1016 年 ） 自邸 から 出火 し 土御門 第 や 法 興 院 など 多く の 家屋 が 焼失 し た が 、 その 再建 の 造営 責任 者 と なる 。