ここ で 大きく 「 家庭 医 （ 家庭 医療 / 一般 医療 : General practice ） 」 と 「 病院 医 （ 専門 医療 ） 」 と に 進路 は 選択 さ れ 、 それぞれ 研修 が 行わ れる 。

これ に 合格 する と 最終 学年 時 に 、 1 年間 の 病院 で の 臨床 研修 が 義務付け られ て いる 。

現在 で は Physikum の 後 、 3 年 勉学 後 、 1 年間 の 病院 実習 を 行い 国家 試験 に 合格 後 、 医師 免許 を 習得 できる よう に 制度 が 改変 さ れ た 。

1999 年 に 改正 さ れ た 医師 法 第 16 条 の 2 に 「 診療 に 従事 しよ う と する 医師 は 、 2 年 以上 、 医学 を 履修 する 課程 を 置く 大学 に 附属 する 病院 又は 厚生 労働 大臣 の 指定 する 病院 において 、 臨床 研修 を 受け なけれ ば なら ない 。 」 と 明記 さ れ 、 2004 年度 から は 、 臨床 医 として 勤務 する ため に は 2 年間 以上 の 臨床 研修 を 行う こと が 努力 義務 と さ れ た 。

臨床 研修 を 終え て い ない 医師 は 、 医業 を 続ける こと は できる が 、 病院 ・ 診療 所 の 長 と なる こと が でき ない 。

一般 的 に は 、 病院 や 診療 所 といった 医療 機関 で 医業 （ 医療 行為 ） を 行う 医師 （ 臨床 医 ） が 多い が 、 医療 機関 以外 で は 保健所 （ 地域 保健 法 施行 令 第 4 条 第 1 項 で は 、 保健所 の 所長 と は 保健所 の 医師 と 規定 さ れ て いる ） 、 基礎 研究 医 、 産業 医 、 社会 医学 者 、 法医学 など 直接 医療 行為 を 行わ ない 医師 も いる 。

一方 、 日本 で は 病院 長 は 医師 で なけれ ば なら ない など 、 各種 役職 に 医師 の 資格 を 要求 する 法規 制 が あり 、 実際 に 診療 を 行っ て い ない 役職 の 者 で も 医師 の 資格 を 要する 場合 が ある 。

一律 に 医師 免許 そのもの に 定年 制 を 設け た 場合 、 優秀 な 病院 経営 者 を 排除 し て しまう 結果 に なり かね ない 。

その ため 、 45 ～ 55 歳 の 最も 熟練 し た 医師 が 勤務 医 を 辞め 小 医院 を 開業 する ので 、 病院 施設 で 高度 な 技術 を 要する 手術 や 手技 を 行う 医師 が 不足 する 結果 と なっ て いる 。

（ 詳細 は 関西医科大学 研修 医 過労 死 事件 を 参照 ） かつて 薄給 で 「 奴隷 の よう だ 」 と 形容 さ れ 、 労働 基準 法 における 最低 賃金 を 下回る 状態 でも あっ た 研修 医 の 待遇 は 、 近年 「 生活 費 稼ぎ の 徹夜 の アルバイト の 連続 など 医療 事故 の 温床 で ある 」 と の 観点 から 、 2004 年度 から は 月収 30 万 円 程度 （ 特別 手当 無し ） を 支給 する よう に 国 から の 勧告 が おり た が 、 大学 病院 など で は 当直 手当て を 加算 し て 手取り 月 20 万 円 程度 しか 支払わ れ ない 場合 も 多く 、 必ずしも 守ら れ て い ない 。

研修 医 は その 研修 コース 次第 で 週 60 時間 から 100 時間 病院 に 拘束 さ れる ため 、 月収 30 万 円 でも 時給 750 円 から 1250 円 に なる 。

また 、 研修 の 立場 から 、 超過 勤務 に対する 賃金 は 全く 支払わ れ ない こと が 一般 に まかり通っ て おり 、 支払わ れる 病院 の 方 が 少ない 。

現在 は 研修 医 は 労働 者 として 扱わ れ 、 勉強 会 など で 病院 に 指示 さ れ て 拘束 さ れ た 時間 など は 、 超過 勤務 として 賃金 を 支払う べき と の 判断 も さ れ て いる 。

また 、 2008 年 、 広島 の 県立 病院 で 研修 医 79 人 に対して 計 １ 億 円 以上 の 賃金 不払い が あり 、 時間 外 や 休日 の 診療 を 労働 と 扱っ て おら ず 、 労働 基準 監督 署 から 「 労働 時間 管理 が 不 適正 」 と 是正 を 勧告 さ れ て い た 事実 も ある 。

医局 は 医師 を 必要 と し て いる 病院 の 情報 を 集中 管理 し 、 必要 と さ れ て いる 医師 の 技能 や 経験 年数 に 合わせ て 医師 を 派遣 する 。

医師 が 派遣 先 で 経験 を 重ね 、 技能 を 身 に つける と 、 派遣 先 の 病院 は 医師 に対して 昇給 を する か 、 賃金 の 安い 医師 と 交代 さ せる か し なけれ ば なら ない 。

この 繰り返し によって 病院 側 は 人件 費 を 一定 に 維持 し 、 経営 の 安定 化 を 図る こと が できる 。

また 、 高度 な 技術 を 取得 する こと が 可能 な 病院 に 派遣 し て もらっ た 場合 、 「 お礼 奉公 」 と 称し て 、 しばらく 低 賃金 で 過疎 地 の 診療 所 に 派遣 さ れる 慣習 も あり 、 これ によって 地方 の 医師 不足 を 埋め合わせ て い た 側面 が あっ た 。

多く の 場合 、 医師 の 派遣 を 受ける 病院 は 大学 教授 に 研究 費 など を 提供 し 、 教授 の 研究 業績 に 寄与 し て い た 。

こういう 病院 は 医局 の 「 関連 病院 」 と 呼ば れる 。