独立 星 系 連合 側 は 巨大 な 鉱山 採掘 用 要塞 サイズ ミック ・ タンク を 共和 国歩 兵 部隊 に ぶつけ 一掃 しよ う と する も 、 強大 な フォース を 身 に 着け て いる メイス・ウィンドゥ の 活躍 で タンク は 破壊 、 ドロイド 軍 も 壊滅 さ せ た 。

すぐさま ジェダイ・マスター の キ ＝ アディ ＝ ムンディ 将軍 を はじめ と する ジェダイ 7 名 が 率いる 共和 国軍 が 派遣 さ れ た 。

しかし これ は 罠 で 、 惑星 軌道 上 に 設置 さ れ た 大量 の 偽装 機雷 で 共和 国軍 を 乗せ た 戦艦 は 次々 に 大破 し 、 惑星 に 墜落 し て いっ た 。

この 罠 により ほとんど の クローン・トルーパー が 死亡 し 、 わずか に 残っ た トルーパー も 出撃 し た ドロイド 軍 により すべて 掃討 さ れ 、 バレック も この 時 命 を 落とし た 。

重砲 を 無力 化 する シールド を 消し 去る べく アナ キン と ヨーダ に 派遣 さ れ た 新た な パダワン 、 アソーカ・タノ は シールド 内部 に 飛び込み 、 そのまま シールド 発生 装置 に 向かっ た 。

さらに ロース サム 将軍 も オビ = ワン の 手 で 拘束 さ れ 、 この 戦い は 共和 国軍 側 の 勝利 で 終わっ た 。

クリストフシス の 戦い が 起き て いる 際 、 銀河 外縁 部 の 航路 を 支配 する ジャバ・ザ・ハット の 息子 、 ロッタ・ザ・ハット が 何者 か に 誘拐 さ れる という 事件 が 発生 。

だが 、 崖 の 上 に ある 寺院 と 崖 を のぼり ながら 戦闘 する 共和 国軍 は ウォーカー を 一 機 破壊 さ れる も スカイウォーカー の 見事 な 作戦 で 制圧 。

アナ キン と アソーカ 達 も アサージ・ヴェントレス 率いる ドロイド 1 個 大隊 に 包囲 さ れ 、 追い詰め られ て い た が 、 オビ = ワン 率いる 212 攻撃 大隊 の 救援 により どうにか 脱出 に 成功 し 、 奪っ た スパイス 密輸 船 「 トワイライト 」 で そのまま タトゥイーン に 向かっ た 。

一 度 は ズィロ に 捕らわれ た アミダラ で あっ た が 、 C - 3 PO の 呼ん だ コマンダー・フォックス 率いる ショック・トルーパー 部隊 により 救出 さ れ 、 ズィロ を 拘束 し た 。

そして マレボランス は グリーヴァス 将軍 の 指揮 の もと 多く の 共和 国 の 艦隊 を 壊滅 さ せ 、 一 人 の 生還 者 も 帰さ なかっ た 。

そして マレボランス 撃破 の ため に 派遣 さ れ た ジェダイ・マスター の プロ・クーン 将軍 指揮 下 の 艦隊 も 返り討ち に あっ て 全滅 さ せ られ て しまう が 、 アナキン・スカイウォーカー 将軍 と 弟子 の アソーカ・タノ によって プロ・クーン と クーン 指揮 下 の コマンダー・ウルフ 以下 数 名 の クローン が 救出 さ れ 、 共和 国 は マレボランス の 正体 を 知る 事 が 出来 た 。

その後 ダース・シディアス の 策略 で パドメ・アミダラ 議員 が マレボランス に 捕らえ られる という 事態 が 発生 し た が 、 艦内 へ 潜入 し た アナ キン と オビ ＝ ワン・ケノービ によって 救出 さ れ 、 更に アナ キン の 破壊 工作 で マレボランス も 月 に 衝突 、 破壊 さ れ た の だっ た 。

カミーノ で は 、 日々 クローン・トルーパー が 製造 さ れ て い た 。

他 の 部隊 へ の 転属 を 願い出 た が 、 シャク・ティ は チームワーク の 大切 さ について 二 人 に 話す 。

翌日 、 追試 に 臨ん だ ヘヴィ 、 エコー 、 ドロイドベイト 、 カタップ 、 ファイブス の 5 人 は 、 それ まで と 打っ て 変わっ た チームワーク の 良 さ を 見せ付け 、 分離 主義 者 の 刑務所 、 「 シタデル 」 を 想定 し て 作ら れ た コース を 攻略 。

エル ＝ レス は 中止 を 申し出る が 、 シャク・ティ は 「 戦場 で は フェアプレー など ありえ ない 」 と 言い 、 訓練 を 続行 さ せ た 。

辺境 の 星 、 リシ・ムーン で は 晴れ て クローン・トルーパー に なれ た ドミノ 分隊 や 、 その他 の 分隊 が 、 オナイナー 軍曹 の 下 に 配属 さ れ て い た 。

内部 に い た BX シリーズ ・ ドロイド・コマンドー は まず 基地 の 歩哨 （ CT - 327 ） を スタン・バトン で 即死 さ せる と 、 ゲリラ 交戦 を 始め た 。

基地 が 乗っ取ら れ た こと を 知ら ない レックス 達 は 基地 に 入ろう と する ものの 、 待ち構え て い た コマンドー・ドロイド から 奇襲 を 受け 、 シャトル を 破壊 さ れ ながら も なんとか 脱出 に 成功 する 。