まず 日本 は 、 オランダ 植民 地 政府 により 軟禁 さ れ て い た スカルノ や ハッタ など の 民族 主義 活動 家 を 解放 し 、 協力 体制 を 取り 、 さらに インドネシア 人 を 現地 官吏 に 登用 し た ほか 、 「 インドネシア 」 という 呼称 を 公 の 場 で 使用 する こと を 解禁 する 等 、 インドネシア 人 を 差別 し 弾圧 し た オランダ 人 と は 異なっ た 政策 を 取っ た 。

この よう な 日本 軍政 期 に 軍事 教練 を 経験 し た 青年 層 の 多数 は 、 後 の 独立 戦争 期 に 結成 さ れる 正規 、 非 正規 の 軍事 組織 で 、 中心 的 な 役割 を 果たす こと に なっ た 。

インパール 作戦 の 失敗 によって 、 ビルマ 方面 の 戦況 が 悪化 する と 、 日本 は 1944 年 9 月 3 日 に は 将来 の 独立 を 認容 する 「 小磯 声明 」 を 発表 、 さらに 1945 年 3 月 に 東 インド に 独立 準備 調査 会 を 発足 さ せ 、 スカルノ や ハッタ ら に 独立 後 の 憲法 を 審議 さ せ た 。

同年 8 月 7 日 スカルノ を 主席 と する 独立 準備 委員 会 が 設立 さ れ 、 その 第 1 回 会議 が 18 日 に 開催 さ れる はず で あっ た が 、 8 月 15 日 に 日本 が 降伏 し た こと によって 、 この 軍政 当局 の 主導 による 独立 準備 は 中止 さ れる こと と なっ た 。

しかし 、 これ を 認め ず 再 植民 地 化 に 乗り出し た オランダ と 独立 戦争 を 戦う こと を 余儀なく さ れ た 。

これら の 銃器 の 他 に も 、 刀剣 、 竹槍 、 棍棒 、 毒矢 など を 調達 し 農村 まで 撤退 し て の ゲリラ 戦 や 、 都市 部 で の 治安 を 悪化 さ せる など 様々 な 抵抗 戦 によって 反撃 し た 。

結果 として 、 1947 年 8 月 1 日 に 国際 連合 安全 保障 理事 会 で 停戦 および 平和 的 手段 による 紛争 解決 が 提示 さ れ た 。

この 時期 、 1950 年 憲法 の 下 で 権限 を 制約 さ れ て い た スカルノ 大統領 は 、 国家 の 危機 を 克服 する ため 、 1959 年 7 月 5 日 、 大統領 布告 によって 1950 年 憲法 を 停止 し 、 大統領 に 大きな 権限 を 与え た 1945 年 憲法 に 復帰 する こと を 宣言 し た 。

スカルノ による 「 指導 さ れる 民主 主義 」 体制 の 発足 で ある 。

1963 年 5 月 に インドネシア に 併合 さ れる と 、 反 政府 勢力 （{ 仮 リンク | 自由 パプア 運動 | en | Free Papua Movement } や : en : National Committee for West Papua ） による パプア 紛争 （ 1963 年 – 現在 ） が 勃発 し た 。

スカルノ の 「 指導 さ れる 民主 主義 」 は 、 1965 年 の 9 月 30 日 事件 によって 終わり を 告げ た 。

国軍 と 共産党 の 権力 闘争 が 引き金 と なっ て 発生 し た この 事件 は 、 スカルノ から スハルト へ の 権力 委譲 と 、 インドネシア 共産党 の 崩壊 という 帰結 を 招い た （ これ 以後 、 インドネシア で は 今日 に 至る まで 、 共産党 は 非合法 化 さ れ て いる ） 。

1968 年 3 月 に 正式 に 大統領 に 就任 し た スハルト は 、 スカルノ の 急進 的 な ナショナリズム 路線 を 修正 し 、 西側 諸国 と の 関係 を 修復 、 スカルノ 時代 と 対比 さ せ 、 自身 の 政権 を 「 新 体制 ( Orde Baru ) 」 と 呼ん だ 。

その間 の 強引 な 開発 政策 は 開発 独裁 と 批判 さ れ つつ も 、 インフラストラクチャー の 充実 や 工業 化 など により 一定 の 経済 発展 を 達成 する こと に 成功 し た 。

スハルト 時代 に 政権 を 支え た ゴルカル 、 スハルト 体制 下 で 存続 を 許さ れ た 2 つ の 野党 （ インドネシア 民主党 、 { 仮 リンク | 開発 統一 党 | en | United Development Party }） 以外 の 政党 の 結成 も 自由 化 さ れ 、 1999 年 6 月 、 総 選挙 が 実施 さ れ 、 インドネシア は 民主 化 の 時代 を 迎え た 。

しかし 、 2001 年 7 月 、 ワヒド 政権 は 議会 の 信任 を 失っ て 解任 さ れ た 。

現在 は 、 2004 年 4 月 に 同国 初 の 直接 選挙 で 選ば れ た 第 6 代 スシロ・バンバン・ユドヨノ が 2009 年 に 60 % の 得票 を 得 て 再選 さ れ 、 2014 年 まで の 大統領 の 任 に ある （ 歴代 の 大統領 について は 、 インドネシア の 大統領 一覧 を 参照 ） 。

1945 年 6 月 1 日 の 演説 で スカルノ が 発表 し た パンチャシラ （ サンスクリット 語 で 「 5 つ の 徳 の 実践 」 を 意味 する ） は 今日 の それ と 順序 と 語句 が 異なっ て いる が 、 スハルト 体制 期 以降 も 重要 な 国是 と なり 、 学校 教育 や 職場 研修 など で の 主要 教科 と さ れ て き た 。

第 五 代 まで の 大統領 と 副 大統領 は 、 国民 協議 会 （ 後述 ） の 決議 により 選出 さ れ て い た が 、 第 六 代 大統領 から は 国民 から の 直接 選挙 で 選ば れ て いる 。

憲法 改正 によって 大統領 の 法律 制定 権 は 廃止 さ れ た 。