宇和島 市 で も 同様 に 「 本店 」 と いえ ば 宇和島 支店 を さす 。

一方 、 四国 以外 で は 、 三 大都市 圏 の 東京 都内 （ 東京 日本橋 ・ 新宿 ） 、 関西 圏 （ 大阪 本町 ・ 大阪 北 ( 十 三 ) ・ 堺 ・ 神戸 ・ 姫路 ） 、 名古屋 に 支店 を 置い て いる 。

香港 支店 （ 1996 年 5 月 に 駐在 員 事務所 から 格上げ ） のみ だ が 、 別に 駐在 員 事務所 が 上海 と ニューヨーク 、 シンガポール に 開設 さ れ て いる 。

各 本部 ・ 営業 店 毎 に 、 若手 ・ 中堅 行員 が 中心 で 係 毎 の 「 QC サークル 」 、 支店 長 代理 以上 が 中心 の 「 方針 管理 」 が 存在 し 、 半年 を 1 サイクル として 、 毎回 様々 な 職場 内 、 業務 上 の 問題 点 を 洗い出し 、 対策 を 検討 ・ 実施 し 、 改善 度合い （ 効果 ） の 確認 を 行っ て いる 。

また 、 大竹 市 に は 大竹 支店 ・ 大竹 市役所 出張所 の 2 店舗 を 有し 、 同市 から は 指定 金融 機関 と さ れ て いる 。

また 、 九州 外 の 店舗 は 、 東京 支店 のみ と なっ て いる 。

2014 年 9 月 に は 、 個人 顧客 専門 の 3 店 目 と なる 「 鳥栖 駅 前 支店 さ ぎん パーソナル プラザ 鳥栖 」 （ 鳥栖 市 ） を 新設 し た ほか 、 営業 時間 を 延長 し た ATM を 全体 の 9 割 に 増やし 、 また 、 電子 看板 を 全 店舗 に 取り付け など 個人 顧客 を 囲い込み 、 役務 収益 を 増やし たい と し て いる 。

ネット 支店 で ある デジタル 出島 支店 を 展開 する ほか 、 入金 照合 サービス で 使用 する 被 振込 専用 支店 は 長崎 ゆかり の 人物 で ある フィリップ ・ フランツ ・ フォン ・ シーボルト の 名 を 冠し て 「 シーボルト 支店 」 と し て いる 。

旧 九州銀行 と の 重複 店舗 の 整理 を 行い 、 小規模 支店 を 「 しんわ プラス 」 の 愛称 で 出張所 へ の 移行 を 進め 、 業務 の 効率 化 を 図っ て い た 。

これら 本店 、 東京 支店 （ 2004 年 （ 平成 16 年 ） 解体 　 現存 せ ず ） 、 大波止 支店 （ 長崎 市 ） は 、 白井 晟一 により 設計 さ れ た 。

なお 、 本店 ・ 懐 霄館 は 月 に 2 回 ほど 事前 予約 の 定員 制 で 見学 が 可能 で ある ほか 、 大波止 支店 も 見学 可能 で ある 。

（ ただし 建物 内 は 撮影 禁止 ） 佐世保 市 が 本拠地 の 同行 で ある が 、 県内 経済 の 中心 地 で 同行 経営 戦略 上 の 最 重点 地域 で ある 長崎 市 圏 、 及び 九州 最大 の 経済 規模 を 誇る 福岡 都市 圏 を 重要 な 市場 と 捉え 、 従来 から 「 長崎 支店 」 に 「 長崎 地区 本部 」 、 「 福岡 支店 」 に 「 福岡 地区 本部 」 という 本部 組織 の 出先 機関 を 置い て い た が 、 2007 年 （ 平成 19 年 ） 7 月 1 日 付 で 両 地区 本部 を 廃止 し た 。

代わっ て 「 長崎 支店 」 を 「 長崎 営業 部 」 、 「 福岡 支店 」 を 「 福岡 営業 部 」 として 改組 し 、 対 内的 に も 対外 的 に も 両 営業 部 が 長崎 ・ 福岡 地域 の 経営 母 店 で ある こと を 明確 に し て いる 。

熊本 県内 に は 支店 の 他 、 熊本 市 中央 区 の 2 支店 に 「 肥後銀行 フィナンシャルプラザ 」 を 、 熊本 市 ・ 菊陽 町 ・ 荒尾 市 ・ 八代 市 に ある 4 支店 ・ 1 出張所 に 「 個人 総合 コンサルティング プラザ 」 を 、 熊本 市 中央 区 の 南熊本 支店 に 「 ビジネスローンプラザ 」 を 開設 し て いる 。

特に 、 熊本 市 で は 、 政令 指定 都市 移行 に 合わせ て 、 熊本 市役所 内 に 開設 さ れ た 本店 営業 部 熊本 市役所 出張所 が 熊本 市役所 支店 に 昇格 し た 。

これ を 受け 甲斐 頭取 が 記者 会見 を 開き 、 席上 謝罪 し た 上 で 、 自身 の 月額 報酬 を 30 % カット する など 関係 者 の 処分 を 明らか に し た ほか 、 本店 、 支店 すべて の 部屋 に 監視 カメラ を 設置 する など の 労務 管理 対策 を 実施 する こと を 表明 し た 。

現 本店 竣工 後 に は 、 赤 レンガ 支店 と 改称 さ れる も 、 後 に 本店 営業 部 に 統合 さ れ 、 現在 は マネー プラザ （ 赤 レンガ 館 ） が 所在 する 。

2015 年 3 月 、 大分 駅 南 の 再 開発 地 に 水戸 岡 鋭治 デザイン による 新 店舗 ビル で ある 「 SORIN 支店 」 を 開設 し 、 その 模様 は 大分朝日放送 の テレビ 番組 「 初めて ○ ○ やっ て み た 」 で 取り上げ られ た 。

この うち 熊本 支店 と 東京 支店 は 空中 店舗 と さ れ て いる 。

2015 年 9 月 中 に も 、 沖縄 県 経済 が 観光 関連 、 建設 関連 とも に 好調 で ある こと や 、 国内 地方 都市 で 唯一 人口 が 増加 し て いる こと を 鑑み 、 那覇 市 新都 心 地区 の 商業 ビル 内 に 沖縄 事務所 を 併設 し た 上 で 、 支店 を 開設 する 方針 を 明らか と し て いる 。