ポルトガル を通して ペグー の 名前 は ヨーロッパ に 伝え られ 、 ヨーロッパ 人 は この 地 に 成立 し て い た 政権 を ペグー 王国 と 呼ん だ 。

しかし 、 ペグー は 北方 で 勢力 を 広げる タウングー 王朝 から の 攻撃 に 晒さ れる 。

1539 年 に ポルトガル 人 傭兵 と 銃火 器 の 力 を 借り た タウングー 王 タビンシュエーティー によって ペグー は 占領 さ れ 、 ペグー は タウングー 王朝 の 都 と さ れ た 。

ペグー 王 タカーユッピ は ピェー の 城主 の 元 に 逃亡 し 、 アヴァ と 連合 し て タウングー を 攻撃 し た が 、 タビンシュエーティー に 敗北 し た 。

1550 年 に シリアム で ペグー 王家 の 末裔 が 反乱 を 起こし 、 タウングー 宮廷 で は タビンシュエーティー が ペグー 王 を 自称 する 人物 に 殺害 さ れる 事件 が 起き た 。

翌 1551 年 に タビンシュエーティー の 義弟 バインナウン によって ペグー の 反乱 は 鎮圧 さ れる 。

1598 年 から 1599 年 にかけて ペグー は 大 規模 な 破壊 に 晒さ れ 、 復興 が 不可能 と なる ほど の 痛手 を 受け た 。

17 世紀 に { 仮 リンク | ニャウンヤン・ミン | en | Nyaungyan Min | label = ニャウンヤン } が 再興 し た アヴァ の タウングー 王朝 （ ニャウンヤン 朝 ） において は 、 ペグー は 一 地方 都市 に 零落 する 。

1739 年 に ペグー 知事 ウー・ターアウン が 政府 に対して 反乱 を 起こす 。

翌 1740 年 に 重税 に 苦しむ ペグー の 住民 は タメイントー・ブッダケティ を 王 に 擁立 し 、 ウー・ターアウン と は 別に 反乱 を 起こし た 。

1752 年 に ペグー 王 ビンニャー・ダラ は 復興 タウングー 王朝 の 王 都 アヴァ を 占領 し 、 国王 マハーダンマヤーザディパティ ら タウングー の 王族 の 多く を ペグー に 連行 し た 。

1757 年 に ペグー は コンバウン 軍 の 攻撃 を 受け て 陥落 し 、 コンバウン 王朝 の 支配 下 に 置か れ た 。

ペグー 王朝 において は 、 軍 の 司令 官 が 国王 に 次ぐ 地位 に あり 、 ダゴン （ ヤンゴン ） 、 マルタ バン の 総督 が 司令 官 に 次ぐ 地位 に あっ た 。

ピンヤ 朝 、 アヴァ 王朝 と 同様 に 、 ペグー 王朝 も ミョウ （ 城壁 で 守ら れ た 地方 の 城市 ） が 行政 の 基本 構成 単位 と なっ て い た 。

ラーザーディリ は 支配 地域 を モッタマ 、 ハンターワディー （ ペグー ） 、 バセイン の 3 州 に 分け 、 それぞれ の 州 は 32 の ミョウ を 含ん で い た 。

ペグー 王朝 は 東 の マラッカ 王国 と 西 の インド と の 交易 で 繁栄 し て い た 。

トメ ・ ピレス が 訪れ た 16 世紀 初頭 の ペグー に は 鋳造 さ れ た 貨幣 は 無く 、 ガンサ （ カンサ ） という 粗 質 の 金属 が 秤量 貨幣 として 商 取引 に 用い られ て い た 。

1530 年代 に 入る と 、 ペグー に 銀貨 、 鉛 貨 が 導入 さ れ た 。

交易 に 訪れる 外国 の 船舶 は マルタ バン 、 ペグー 、 バセイン 3 州 の 中 から 、 最も 取引 に 有利 な 港 を 選ん で 寄港 し た 。

うち ペグー は ダゴン を 外港 として 交易 を 行っ て い た が 、 ダゴン が 交易 港 として の 地位 を 確立 し た 時期 は マルタ バン 、 バセイン と 比べ て 遅く 、 ダルウィーシュ と 呼ば れ た インド 系 商人 が 取引 を 統制 し て い た 。